بخشی از این ایرادها به گره زدن اجرای آن به قانون سامانه مؤدیان و پایانه‌‌‌های فروشگاهی برمی‌گردد، بخشی دیگر نیز به قاضی‌محور شدن قانون که از دید فعالان اقتصادی باید این رویه اصلاح شود. از دید بخش خصوصی، طولانی بودن فرآیند استرداد اعتبار مالیاتی مؤدیان و صادرکنندگان، فرآیند دادرسی مالیاتی که مورد اشکال بخش خصوصی بود، اختلافات اساسی میان سازمان امور مالیاتی و مؤدیان در خصوص پذیرش اعتبار ملی و حمایت از کالاهای خارجی در مقابل تولیدات ملی کالاهای معاف از ایرادهای دیگر این قانون است. این چالش‌ها در چهلمین نشست شورای راهبری بهبود فضای کسب و کار با مشارکت اتاق‌‌‌های بازرگانی، تعاون و اصناف بررسی شد. در نهایت اعضا خواستار مشارکت نمایندگان هر سه اتاق در تدوین آیین‌‌‌‌‌‌نامه و دستورالعمل‌‌‌های اجرایی آن شدند.

به گزارش پایگاه خبری اتاق ایران در ابتدای این جلسه، کارشناس مرکز پژوهش‌‌‌های مجلس، به آسیب‌‌‌های ناشی از اجرای آزمایشی قانون مالیات ارزش‌‌‌افزوده اشاره کرد و گفت: طولانی بودن فرآیند استرداد اعتبار مالیاتی مؤدیان و صادرکنندگان، فرآیند دادرسی مالیاتی که مورد اشکال بخش خصوصی بود، اختلافات اساسی میان سازمان امور مالیاتی و مؤدیان در خصوص پذیرش اعتبار ملی، وجود شرکت‌های صوری و کدفروش، حمایت از کالاهای خارجی در مقابل تولیدات ملی کالاهای معاف، عدم‌اعطای معافیت یا نرخ صفر به تجهیزات و خطوط تولیدی کالاهای معاف، بلاتکلیفی مؤدیان در رسیدگی به اظهارنامه‌‌‌های آنها و اعتراضات برخی اصناف نظیر صنف طلا و جواهر ازجمله چالش‌‌‌های آن بود. ارسطو ادامه داد: بعد از بررسی این اشکالات در جلسات مختلف تغییراتی در متن قانون داده شد تا این مشکلات برطرف شود. ازجمله برای موضوع فعالیت پیمانکاری مصوب شد مادامی‌‌‌که دستگاه اجرایی مربوطه طلب پیمانکار را تسویه نکند سازمان امور مالیاتی جریمه‌‌‌ای برای مؤدی و پیمانکار مشمول جریمه در نظر نگیرد یا در قانون جدید ابهامات مربوط به صادرات خدمت برطرف شد.

ارسطو درباره یکی از نقاط ضعف قانون جدید مصوب سال ۱۴۰۰ اشاره کرد که قانون مالیات ارزش‌‌‌افزوده ۱۴۰۰ بسیار درهم‌‌‌تنیده با سامانه مؤدیان و پایانه‌‌‌های فروشگاهی است و هر اشکالی در این سامانه، اجرای قانون را با چالش مواجه خواهد کرد. در ادامه محمود تولایی، رئیس کمیسیون مالیات اتاق ایران با بیان اینکه قانون مالیات ارزش‌‌‌افزوده از ابتدا بد شروع شد و بلافاصله به اجرا گذاشته شد گفت: خوشبختانه فرآیند اصلاح قانون ارزش‌‌‌افزوده به خوبی انجام شد. البته این قانون باید سال ۹۸ نهایی می‌‌‌شد اما آن‌‌‌هایی که می‌‌‌خواستند از قاعده بودجه‌‌‌ای فرار کنند در اجرایی شدن آن تاخیر ایجاد کردند. وی تاکید کرد: ما به‌‌‌عنوان اتاق بازرگانی به شدت به دنبال کاهش معافیت‌‌‌های مالیاتی بودیم و نگاه ملی وجود داشت. تولایی به برخی نقاط ضعف این قانون اشاره کرد و گفت: سامانه مؤدیان به قانون مالیات ارزش‌‌‌افزوده الحاق شد و حالا بخشی از اجرای آن به این قانون گره خورده است؛ این باید تعیین‌تکلیف شود. در این راستا اعلام آمادگی کردیم هر کاری از ما و اصناف برمی‌‌‌آید حاضریم کمک کنیم. تولایی ادامه داد: لازم است در چند جلسه مجریان و ما مؤدیان با هم بنشینیم و جلسه بگذاریم تا نگاهمان به این قانون همسو شود تا در مرحله اجرا این‌‌‌طور نباشد که مجری چیزی را اجرا کند و ما بگوییم این همان چیزی نیست که در قانون آمده است. درواقع لازم است چالش فهم دوگانه از این قانون را برطرف کنیم.

وی افزود: بعد از این مرحله باید اطلاع‌‌‌رسانی درست کنیم که ذی‌نفعان ما بدانند چه چیز را باید اجرا کنند. این وظیفه ماست که وقت بگذاریم و نقاط مبهم را برطرف کنیم و بعد اطلاع‌‌‌رسانی وسیع انجام دهیم.

تولایی تاکید کرد: امیدواریم از دیدگاه ممیزمحوری به سمت دیدگاه یکسان محوری برویم. چراکه در این صورت، با فرض خطای ۳۰ درصدی اما باز هم ۷۰ درصد مالیات بهتری وصول خواهیم کرد.

در این نشست جلیل کاربخش، نایب‌‌‌رئیس کمیسیون مالیات اتاق ایران همچون تولایی به نقد گره خوردن قانون مالیات ارزش‌افزوده با سامانه مؤدیان پرداخت و گفت: درست این بود که ابتدا سامانه مؤدیان و پایانه‌‌‌های فروشگاهی اجرایی می‌‌‌شد و بعد از ۶ ماه قانون ارزش‌‌‌افزوده اجرا می‌‌‌شد در حالی که سامانه هنوز عملیاتی و اجرایی نشده اما اجرای قانون مالیات ارزش‌‌‌افزوده به آن گره خورده است.