همان‌‌‌گونه که عنوان شد، مهم‌ترین مانع اجرای گسترده قراردادهای سپرده کالایی در بازارهای کالایی رسمی، محدودیت‌های مالیاتی در مسیر اجرای آن است. اگرچه در قانون بودجه سال‌جاری تعیین شده که قراردادهای گواهی سپرده کالایی به‌عنوان مادر ابزارهای مالی از پرداخت مالیات ارزش‌افزوده معاف هستند، ولی تاکنون دستورالعمل آن صادر نشده است و مشکل اصلی هنوز وجود دارد. هم‌‌‌اکنون قراردادهای گواهی سپرده کالایی بدون معاملات ثانویه منعقد می‌شوند؛ یعنی سرمایه‌گذاری یا معامله‌‌‌گری در این بازار به صورت واقعی وجود نداشته و چیزی شبیه به خرده‌فروشی رخ داده است. اگرچه ذات ورود بورس‌کالا به خرده‌‌‌فروشی و عرضه و تحویل با حجم محدود از انبارهای ذیل نظارت بورس‌کالا داده مثبتی به شمار می‌رود، اما همین نکته که گواهی موجود از قراردادهای ثانویه برخوردار نیست، خود یک نقطه ضعف بسیار مهم است.

در هر حال، حل معضل معافیت گواهی سپرده از پرداخت مالیات ارزش‌افزوده الزامی قطعی برای رونق این معاملات به شمار می‌رود و عدم‌حل و فصل آن به معنی عدم‌توسعه‌‌‌یافتگی بازارهای مشتقه و ابزارهای مالی مشابه خواهد بود. به عنوان یک نمونه مشخص، اینکه مسیر توسعه گواهی سپرده در کشور دقیقا از مسیر کالاهایی عبور کرده که الزام به پرداخت مالیات ارزش‌افزوده ندارد، خود نشان می‌دهد که سرعت‌‌‌گیر مالیاتی بیش از چیزی که به نظر می‌رسد، جدی است. اینکه بسیاری از محصولات صنعتی همچون مس یا آلومینیوم و حتی سنگ‌آهن یا روی دارای قراردادهای قدرتمند گواهی سپرده با معاملات ثانویه نیستند، بیش از همه به بخش صنعتی کشور صدمه می‌‌‌زند. همچنین تامین امن و مستمر مواد اولیه برای صنایع تکمیلی و پایین‌دستی را محدود می‌‌‌سازد.

اینکه مسیر قراردادهای گواهی سپرده در جهان از کالاهای صنعتی و فلزات عبور کرده، دلیل متقنی برای عدم‌موفقیت این قراردادها در حوزه محصولات پتروشیمیایی و پلیمرها نیست. مدت‌‌‌هاست، تلاش‌‌‌های بسیاری برای آغاز به کار قراردادهای گواهی سپرده در حوزه پلیمرها مخصوصا انواع غیربهین‌‌‌یابی آن صورت گرفته که به دلیل نقیصه مالیاتی، اجرای آن تاکنون محقق نشده است. در اختیار داشتن قراردادهای گواهی سپرده کالایی، زیرساخت بسیار مهمی برای توسعه بنیادین شفافیت و همچنین عرضه امن مواد اولیه و افزایش ریسک‌‌‌پذیری بازار است.