محل موزه در مدرسه دارالفنون بود. از آنجا که این اداره تازه‌تاسیس به‌دلیل ارزش اشیای تاریخی و اجازه حفاری به متقاضیان حفاری درآمد مناسبی داشت، اهمیت یافته و به محل جدید وزارت معارف در عمارت مسعودیه منتقل شد. اشیای موزه ملی نیز در ابتدا به اتاقی در این ساختمان منتقل و پس از اتمام ساختمان موزه کنونی ایران باستان به آنجا منتقل شد. ریاست اداره عتیقات از سال ۱۳۰۸ به «گدار» سپرده شد. البته نام اداره عتیقات بر این سازمان ماندگار نبود و به «اداره کل باستان‌شناسی» تغییر نام داد. دکتر علی فرهمندی، علی ریاضی، محمدتقی مصطفوی و نصرت‌الله مشکوتی از جمله روسای این اداره بودند.

در خرداد ماه ۱۳۴۳ وزارتی به نام فرهنگ و هنر به لیست وزارتخانه‌ها اضافه شد و مهرداد پهلبد به این وزارت منصوب شد. باوجود آنکه مهرداد پهلبد وزیری جاودانه تا پایان کار این وزارتخانه و حکومت پهلوی بود در عوض داخل وزارتخانه تغییراتی مداوم در جریان بود. برای مثال اداره باستان‌شناسی زیرمجموعه وزارت فرهنگ و هنر جدید شد. در ابتدا عبارت «فرهنگ عامه» به نام اداره کل باستان‌شناسی افزوده شد و بعدا به «مرکز باستان‌شناسی ایران» تغییر نام داد. در تغییراتی که در وزارت فرهنگ و هنر به‌وجود آمد معاونت فرهنگی وزارتخانه به پنج اداره کل تقسیم شد: فرهنگ عامه، آثار تاریخی، موزه‌ها، موزه ایران باستان و مرکز باستان‌شناسی ایران. علاوه بر این در کنار این ادارات کل پنج‌گانه دو سازمان انجمن آثار ملی و سازمان حفاظت آثار باستانی در مجموعه وزارت فرهنگ و هنر عمل می‌کردند.

دستاوردهای این اداره در چند حیطه قابل بررسی است. برای مثال از حدود ۴۵ هیات باستان‌شناسی، ۲۸ هیات مشغول حفاری و کاوش علمی بودند، مجموعه سمینارها و کنفرانس‌هایی که در این دوره انجام شد فرصت تبادل اطلاعات بین صاحب‌نظران ایرانی و خارجی را فراهم کرد و مجله باستان‌شناسی و هنر در ۱۲ شماره جای خوبی میان پژوهشگران باز کرد. نتیجه عملکرد خوب باستان‌شناسی آن بود که عده‌ای از کارشناسان قدیمی آن از مرکز باستان‌شناسی به سایر بخش‌های معاونت فرهنگی وزارت فرهنگ و هنر منتقل شدند.