معافیت مالیاتی مندرج در ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد بعدها در ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید، مشروط به شرایطی شد و دلیل آن ایجاد انضباط مالیاتی در محدوده مناطق آزاد عنوان شد. با این قانون، همه فعالان اقتصادی (حقیقی و حقوقی) در مناطق آزاد موظف به ارائه اظهارنامه مالیاتی شدند. هرچند برای آن دسته از فعالان اقتصادی که واقعا به فعالیت مشغول بودند، نباید تنگنایی مالیاتی ایجاد می‌شد، اما در عمل و اجرا این‌گونه نبود. واقعیت‌های حقوقی این موضوع فراتر از دلایل توجیهی مندرج در رسانه‌ها است، زیرا حقوق مناطق آزاد و فعالان اقتصادی آنها در برخی موارد مورد بی‌مهری واقع شده است. با وجود اینکه مستمسک قانونی لزوم ارائه اظهارنامه مالیاتی توسط فعالان اقتصادی در مناطق آزاد، بند «ت» ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید است، اما در اجرای این قانون چند نکته مهم باید به‌صورت جدی مورد توجه قرار گیرد.

در این بند اشاره شده است که شرط برخورداری از معافیت مالیاتی در مناطق آزاد تسلیم اظهارنامه مالیاتی در موقع مقرر قانونی است. درحالی‌که مرجع دریافت اظهار‌نامه، نام برده نشده، بنابراین با توجه به ماده ۲۷ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و متعاقبا بند «الف» ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کل کشور، سازمان منطقه آزاد صلاحیت دریافت اظهارنامه‌های مالیاتی را دارد.

همان‌طور که در ادامه بند «ت» ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید نیز اشاره شده، اظهارنامه توسط سازمان امور مالیاتی تهیه می‌شود. با این تعبیر، صلاحیت تهیه فرم اظهارنامه برای سازمان امور مالیاتی مورد نظر قانون‌گذار بوده است، نه دریافت اظهارنامه. با توجه به خاص بودن قانون (بند «ت» ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید) و قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و قاعده تخصیص خاص مقدم توسط خاص موخر، فعالان اقتصادی مناطق آزاد صرفا تابع شرایط مندرج در این بند اصلاح شده قانون مالیات‌های مستقیم هستند و نه سایر شرایط مندرج در قانون مالیات‌های مستقیم.

در توضیح و ادامه مطلب باید اشاره شود که در بند «ت» فوق‌الذکر، اظهارنامه مالیاتی اشخاص حقوقی شامل ترازنامه و حساب سود و زیان دانسته شده، بنابراین غیر از ارائه ترازنامه و حساب سود و زیان، تکلیف دیگری برای مودیان مالیاتی فعال در مناطق آزاد در نظر گرفته نشده، درحالی‌که در مرحله اجرا و با ابلاغ بخشنامه شماره ۵۵/ ۹۶/ ۲۰۰ مورخ ۲۰/ ۴/ ۱۳۹۶ توسط سازمان امور مالیاتی، اطلاعات عملکرد مالی شامل دفاتر، اسناد، مدارک، ترازنامه، حساب سود و زیان، فهرست معاملات و حقوق پرداختی به کارکنان تعریف شده و مورد مطالبه از مؤدی مربوطه قرار گرفته‌اند و متعاقبا در بخشنامه شماره ۱۵۰/ ۹۷/ ۲۰۰ مورخ ۱۰/ ۱۱/ ۱۳۹۷ فهرست معاملات و حقوق پرداختی از این بند دستورالعمل حذف شد و مؤدی مالیاتی فعال در مناطق آزاد موظف به ارائه آنها شد، اما اساسا با توجه به اینکه قانون مصوب مجلس شورای اسلامی بر هرگونه آیین‌نامه، بخشنامه و دستورالعمل رجحان و برتری حقوقی دارد:

اولا اظهارنامه مالیاتی اشخاص حقوقی فعال در مناطق آزاد، باید شامل ترازنامه و حساب سود و زیان باشد، نه مطلب دیگری.

ثانیا از آنجا که براساس بند «ت» ماده ۳۱ قانون رفع موانع تولید، تهیه نمونه این اظهارنامه‌ها به سازمان امور مالیاتی محول شده و براساس بند «الف» ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کل کشور اجرای این قوانین بر عهده سازمان‌های مناطق آزاد است، هرگونه ابهامی در نحوه مدیریت محدوده مناطق آزاد از جمله مرجع دریافت اظهارنامه مالیاتی برطرف شده است.