در اوایل مرداد ماه سامانه تمدید و صدور کارت بازرگانی دچار تغییر شد. در واقع ماجرا از جایی شروع شد که بروز برخی مشکلات از جمله دقیق نبودن، کند بودن، بهنگام نبودن و نبود بستر‌های لازم برای این اقدام در سامانه جامع تجارت سبب شد که بخش خصوصی نسبت به رویه جدید صدور کارت بازرگانی اعتراض کند. مطابق اظهارات فعالان بخش خصوصی در هفته‌های اخیر رقم بالایی در سامانه جامع تجارت برای تمدید یا صدور کارت بازرگانی ثبت نام کرده‌اند که تعداد قابل توجهی از آنها موفق به تایید مدارک و دریافت کارت بازرگانی نشده‌اند و از این رو متقاضیان کارت بازرگانی در این مدت مشکلات و موانع خود را در این زمینه نزد اتاق‌های بازرگانی مطرح کرده‌اند و این در حالی است که اتاق‌های بازرگانی بیان می‌کنند تا زمانی که مسیر سامانه جامع تجارت اصلاح و درست نشود، اتاق‌های بازرگانی هم نمی‌توانند اقدامی در جهت تمدید یا صدور کارت بازرگانی انجام دهند، چرا که عملا رویه‌ جدیدی که از مرداد اجرایی شده، چنین اجازه‌ای را نمی‌دهد. بخش خصوصی تصریح کرد که پشتیبانی و دفاع از حقوق قانونی اعضا و فعالان اقتصادی کشور، وظیفه ذاتی تشکل‌های بخش خصوصی است و هم‌اکنون به‌دلیل بروز برخی ناهماهنگی‌ها و ابهامات، متولی تجارت خارجی یعنی سازمان توسعه تجارت باید در این خصوص پاسخگو باشد و حل سریع مشکلات به وجود آمده را در دستور کار قرار دهد.

پس از این اتفاقات، سرپرست وزارت صنعت، معدن و تجارت در نامه‌ای به رئیس‌کل سازمان توسعه تجارت ایران دستور داد که سامانه قبلی صدور کارت بازرگانی به مدت دو ماه دیگر، به ‌موازات سامانه جدید (‌سامانه جامع تجارت) به فعالیت خود ادامه دهد. در این چارچوب قرار است که سامانه جامع تجارت و سامانه اتاق بازرگانی به موازات هم برای صدور و تمدید کارت بازرگانی عمل کنند. با این تصمیم به نظر می‌رسد سیاست‌گذار از تصمیم قبلی خود مبنی بر محدود کردن فرآیند صدور کارت بازرگانی به سامانه جامع تجارت عقب نشینی کرده است.

البته پیش از آن، مدیرکل دفتر مقررات صادرات و واردات وزارت صمت خبرهای تازه‌ای را در مورد وضعیت صدور کارت بازرگانی و شرایط تمدید آن و همین‌طور ممنوعیت‌های ثبت‌سفارش اعلام کرد. مطابق اعلام این مقام مسوول در وزارت صمت، صدور مجوز موردی صدور کارت بازرگانی برای صادرکنندگان مبتدی ممنوع شده است. این تصمیم شامل افرادی می‌شود که برای اولین بار درخواست دریافت کارت بازرگانی داده‌اند. این اقدام با هدف جلوگیری از سوء‌استفاده احتمالی و انباشتگی تعهدات ارزی در دستور کار سیاست‌گذار تجاری قرار گرفت. اما این تصمیم جدید وجه دیگری نیز دارد. مطابق اعلام سعید عباسپور، تمدید کارت بازرگانی برای کسانی که دارای تعهد ارزی هستند، ممنوع خواهد بود  اما استعلامات سیستمی که طبق شرایط صدور و تمدید مندرج در ماده ۱۰ آیین ‌نامه اجرایی مقررات صادرات و واردات در فرآیند جدید صدور و تمدید کارت بازرگانی اضافه شده و پیش از این وجود نداشته است به این شرح است؛ «استعلام چک برگشتی از بانک مرکزی»،«استعلام حساب جاری از بانک مرکزی»،«استعلام وضعیت نظام وظیفه از نیروی انتظامی»،«استعلام مدرک تحصیلی از وزارت آموزش و پرورش»،«استعلام مدرک تحصیلی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری»،«استعلام مدرک تحصیلی از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی»،«استعلام مدرک تحصیلی از دانشگاه آزاد اسلامی»،«استعلام پروانه بهره‌برداری صنعتی»،«استعلام پروانه بهره‌ برداری معدنی»، «استعلام پروانه فنی و مهندسی»،«استعلام پروانه بهره ‌برداری کشاورزی از وزارت جهاد کشاورزی»، «استعلام پروانه فناوری اطلاعات و ارتباطات (ICT) از سازمان تنظیم مقررات»، «استعلام کد رهگیری املاک از سامانه املاک و مستغلات» و «استعلام تطابق مدیرعامل و شرکت» همچنین در مورد استعلام سابقه محکومیت مؤثر به‌عنوان جایگزین گواهی سوء پیشینه، با توجه به پیگیری رفع مشکلات اطلاعات ارسالی در سرویس ارائه‌ شده توسط مرکز آمار و فناوری اطلاعات قوه قضائیه، این استعلام نیز به زودی اضافه و گواهی سوء پیشینه به‌طور کامل حذف خواهد شد. در عین حال بهمن عشقی، دبیرکل اتاق بازرگانی تهران، دو روز پیش، ضمن دفاع از عملکرد قبلی سامانه اتاق بازرگانی، اظهار کرده بود که پیش از این نیز تنها گواهی سوء پیشینه الکترونیکی انجام نمی‌شد که در فرآیند جدید نیز عملا الکترونیکی نیست. یعنی به نوعی هیچ تغییری در ثبت اطلاعات بین سامانه جامع تجارت و سامانه اتاق بازرگانی وجود ندارد.