مقاومت میکروبی به قابلیت میکروارگانیسم‌ها –باکتری‌ها، قارچ‌ها، ویروس‌ها و انگل‌ها – برای مقاومت دربرابر مواد ضد میکروبی – مانند آنتی‌بیوتیک‌ها – که پیش‌تر در درمان عفونت‌ها موثر بوده‌اند، اشاره دارد. در نتیجه این پدیده، داروهایی که زمانی برای درمان بیماری‌ها موثر و کارا بودند، تاثیر کمتری داشته یا بی‌فایده می‌شوند و به کاهش قابلیت درمان موفق عفونت‌ها منجر می‌شوند.

به گزارش فائو، کاربرد نادرست یا بیش‌ازحد داروهای ضد میکروبی جهت درمان و جلوگیری از بیماری‌ها در بخش دامداری، آبزی‌پروری و تولیدات زراعی اغلب با خطر بالقوه ظهور و گسترش میکروارگانیسم‌های مقاوم در برابر مواد ضد میکروبی همراه است.

شواهد آشکار علمی بر این دلالت دارند که مواد غذایی می‌توانند افراد را در معرض باکتری‌های مقاوم به مواد ضدمیکروبی قرار دهند. این مساله از جمله شامل غذاهای تولید شده در بخش دامداری و ماکیان، ماهی‌ها، میوه‌ها و سبزیجاتی است که چه به شیوه معمول و چه به شیوه ارگانیک تولید می‌شوند.

به این ترتیب هنگامی که انسان‌ها میکروارگانیسم‌های مقاوم به مواد ضدمیکروبی موجود در مواد غذایی را هضم می‌کنند، برخی از باکتری‌ها می‌توانند منجر به بیماری شوند. این گونه‌ها و دیگر انواع میکروارگانیسم‌های مقاوم به مواد ضدمیکروبی همچنین می‌توانند همچون منبعی برای ژن‌های مقاوم به مواد ضد میکروبی باشند که دیگر میکروارگانیسم‌های موجود در دستگاه گوارش – شامل عوامل بیماری‌زای انسانی – آنها را جذب کنند.

تاکنون، موثرترین رویکرد برای محدود کردن استفاده از مواد ضدمیکروبی در بخش کشاورزی، کم کردن نیاز به درمان بیماری‌های حیوانی و گیاهی است. این مساله درخصوص دام‌ها و آبزیان، شامل اتخاذ شیوه‌های مناسب مدیریتی همچون امنیت زیستی، واکسیناسیون و تغذیه مناسب است. در بخش تولیدات گیاهی، استفاده از رویه‌های تثبیت شده مدیریت یکپارچه آفات که شامل یک رویکرد نظام‌مند طراحی شده برای کاهش خسارات اقتصادی به محصولات زراعی و به‌ حداقل رساندن خطرات برای مردم و محیط زیست است که علاوه بر افزایش عملکرد محصولات می‌توانند نیاز به درمان‌های ضدمیکروبی (آنتی‌بیوتیکی)‌ را نیز کاهش ‌دهند. در سطح تولیدی، فائو از اجرای شیوه‌ها و اقدامات مناسب بهداشتی حمایت می‌کند، شیوه‌ها و اقداماتی که هدف آنها جلوگیری از آلودگی‌ها و همچنین تشویق استفاده مسوولانه از داروهای ضدمیکروبی – آنتی‌بیوتیک‌ها – برای کاهش خطرات مرتبط با ایمنی و سلامت غذایی است. این مساله شامل گستره‌ای فراتر از مزارع کشاورزی بوده و در برگیرنده پایبندی تمامی بخش‌ها و افراد دخیل در تولید و کسب‌وکارهای مرتبط با مواد غذایی به شیوه‌های مناسب بهداشتی است، مساله‌ای که باید از طریق یک نظام بازرسی مبتنی بر خطر اجرایی شود.  نظام‌های پایش و نظارت موثری که بتوانند کاربرد مواد ضدمیکروبی و وجود مقاومت میکروبی در انسان‌ها و زنجیره‌های غذایی را رصد کنند نیز از جمله مسائل ضروری هستند. یک بخش مهم از چنین تلاش‌هایی، «برنامه‌های پایش بقایای داروهای دامپزشکی» است؛ این برنامه‌ها هم‌اکنون در برخی از کشورها در حال اجرا هستند، اما در اغلب موارد نیازمند تقویت و بهبود هستند.