انتقال این نهاد زیر نظر مستقیم رئیس‌جمهوری به وزارت اقتصاد با توجیه نظارت مجلس اتفاق افتاد. مناطق آزاد طی سال‌های گذشته با چالش‌های عدیده‌ای روبه‌رو بوده و به عقیده برخی کارشناسان این حوزه، به‌جای نقش‌آفرینی در سیاست‌هایی چون جذب سرمایه خارجی و افزایش صادرات، تبدیل به یکی از مهم‌ترین ورودی‌های کالای قاچاق شده است. منتقدان معتقدند دولت برای ایجاد مناطق آزاد، سرمایه‌گذاری قابل‌توجهی نکرده است و مدیران حاضر در مناطق آزاد عموما تجربه ارزنده‌ای در این زمینه ندارند. از سوی دیگر در کشورهای منطقه مدیران مناطق آزاد تجاری- صنعتی به استخدام مدیران تراز اول جهانی روی آورده و کشورهایی چون امارات و ترکیه پیشرفت‌های قابل‌توجهی در این زمینه داشته‌اند.  

  ۸ ماه پیش از استقرار دولت دوازدهم لایحه انتقال دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد تصویب و در ابتدای دولت دوازدهم این قانون اجرایی شده است تا بلکه نظارت مجلس بتواند مناطق آزاد را از شرایط فعلی خارج   کند. منتقدان این لایحه معتقدند ورود نمایندگان مجلس به موضوع مناطق آزاد، نه‌تنها مشکلات را مرتفع نمی‌کند بلکه به پیچیده کردن مسائل مربوط به آن می‌انجامد. از منظر اقتصاد سیاسی موضوع دخالت نمایندگان مجلس و به وجود آمدن ابزاری برای فشار آنان بر مسوولان مناطق آزاد از طریق وزیر اقتصاد می‌تواند مشکلات را عمق بیشتری دهد. این موضوع صرفا به دوره نمایندگی افراد ختم نمی‌شود. در این پرونده باشگاه اقتصاددانان به بررسی لایحه انتقال دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد پرداخته شده است.