در بند سوم نیز به‌عنوان یکی دیگر از وظایف این نهاد به «ایجاد انتظام در بازپرداخت بدهی‌های ناشی از انتشار اوراق بهادار اسلامی به‌عنوان بدهی‌های ممتاز دولت به مبلغ ۳۷‌هزار و ۵۰۰ میلیارد تومان برای دوره زمانی منتهی به سه ماهه اول سال‌جاری و تنظیم تقویم تسویه حساب تا سررسید تمامی بدهی‌های ممتازه و پیگیری برای تامین و پرداخت مبالغ مذکور» اشاره شده است. همچنین در بند دیگر نیز به صدور ۱۴ هزار و ۸۰۰‌میلیارد تومان اوراق تسویه خزانه برای تهاتر بدهی‌های دولت با مطالبات دولت طی سال‌های ۱۳۹۵ و ۱۳۹۶ اشاره شده است که در سال‌جاری نیز مبلغ ۱۰۲ هزار میلیارد تومان اوراق تسویه خزانه نوع اول و دوم، توسط مرکز یاد شده در دست اقدام است.