بر اساس بند ۳، از ابتدای تیرماه سال ۱۳۹۹، خزانه داری کل کشور مکلف است، حقوق و مزایای مستمر کارکنان رسمی، پیمانی و قراردادی شناسه دار دستگاه‌های اجرایی اعم از مشمول و غیرمشمول قانون مدیریت خدمات کشوری را به شیوه‌ای که توسط سازمان تعیین می‌شود و بر اساس تخصیص ابلاغی پرداخت کند. همچنین بر اساس بند (ه) تبصره ۱۲ قانون، دستگاه‌های اجرایی موظفند کلیه پرداخت‌های مشابه حقوق و دستمزد مانند حق التدریس، حق نظارت و پاداش شوراهای حل اختلاف را به‌عنوان هزینه‌های اجتناب‌پذیر محسوب و در درخواست تخصیص اعتبار خود لحاظ کنند. همچنین بر اساس ماده ۷، صندوق بازنشستگی کشوری موظف است نسبت به پرداخت کمک هزینه عائله‌مندی، اولاد و عیدی برای بازنشستگان دستگاه‌های اجرایی که هزینه‌های مذکور توسط سازمان از اعتبارات هزینه‌ای آنها قبلا کسر شده است، اقدام کند. سایر هزینه‌های مربوط به بازنشستگان دستگاه‌های اجرایی که هزینه‌های مذکور توسط سازمان از اعتبارات هزینه‌ای آنها قبلا کسر شده است. در ماده دوازدهم نیز تاکید شده که فوق العاده ماموریت روزانه داخل کشور به کارمندان دستگاه‌های اجرایی مشمول این تصویب نامه که به‌عنوان مامور برای انجام وظیفه موقت به خارج از حوزه شهرستان محل خدمت خود اعزام می‌شوند و ناچار به توقف شبانه هستند، تا میزان حداقل حقوق و مزایا در مورد مشمولان این تصویب نامه به ماخذ یک بیستم و نسبت به مازاد به ماخذ یک پنجاهم در سقف اعتبار مصوب دستگاه قابل پرداخت است.