به‌رغم اهمیت موضوع، همچنان بخش‌هایی از این دستورالعمل‌ها با ابهاماتی مواجه است و نیاز به حل و فصل آنها وجود دارد. در این خصوص مکاتبات و جلسات متعددی نیز میان بانک مرکزی و کانون بانک‌ها یا میان بانک مرکزی و هر‌یک از بانک‌ها به صورت مجزا صورت گرفت، ولی همچنان بخشی از ابهامات تاکنون برطرف نشده است. یکی از این موارد، ارجاعاتی بود که در دستورالعمل‌های فوق‌الذکر به صلاحیت حرفه‌ای مدیران واحدهای نظارتی بانک‌ها و موسسات اعتباری، به ویژه حسابرسی داخلی، ریسک و تطبیق مقررات صورت گرفته است. مواد ۲۷ و ۳۱ «دستورالعمل الزامات ناظر بر حاکمیت شرکتی در موسسات اعتباری غیر دولتی» و مواد ۹ و ۲۷ «دستورالعمل رعایت قوانین و مقررات در موسسات اعتباری» به این موضوع پرداخته‌اند.

بانک مرکزی با ابلاغ «دستورالعمل تایید صلاحیت مدیران ریسک، تطبیق و حسابرسی داخلی و اعضای کمیته‌های ریسک، حسابرسی داخلی و رعایت قوانین و مقررات (تطبیق) موسسات اعتباری» در فروردین ماه ۱۳۹۸، با هدف «ایجاد و تقویت سلامت و ثبات در نظام بانکی از طریق پیاده‌سازی اثربخش ضوابط حاکمیت شرکتی موثر در ایران» بر آن شد تا شرایط عمومی و تخصصی مورد نظر برای مدیران ارشد و اعضای کمیته واحدهای مربوطه را تعیین کند. به‌رغم اینکه این دستورالعمل به رفع ابهامات ذکر شده در بانک‌ها و موسسات اعتباری کمک می‌کرد، خود نیز برخی ابهامات را به همراه داشت، از جمله اینکه منظور از «گواهی نامه حرفه‌ای مورد تایید کمیسیون مرتبط با سمت مورد تقاضای داوطلب» مشخص نبود.

پس از مکاتبات متعدد و پیگیری‌های بانک‌ها و موسسات اعتباری در خصوص ابهامات این دستور العمل، بانک مرکزی در شهریورماه ۱۳۹۹ دستورالعمل تایید صلاحیت و عزل و تغییر مدیران واحدهای نظارتی را با انجام اصلاحاتی مجددا به شبکه بانکی ابلاغ کرد، که اهم موارد به شرح زیر است:

۱- تفکیک شرایط تخصصی مدیران ارشد واحدهای حسابرسی داخلی، ریسک، و تطبیق مقررات از یکدیگر،

۲- تعیین شرایط تخصصی برای اعضای کمیته‌های تخصصی حسابرسی داخلی، ریسک، و تطبیق مقررات،

۳- مشخص کردن مرجع صدور احکام سمت‌های ذکر شده در بانک‌ها و موسسات اعتباری،

۴- اعضای کمیته‌ها باید از تنوع مورد نیاز در مهارت و تخصص لازم برخوردار باشند،

۵- در نحوه ارزیابی اعضای معرفی شده به کمیسیون تایید صلاحیت و عزل، داشتن «سابقه بانکی» جایگزین «سابقه کاری و عملکرد گذشته داوطلب از حیث موارد مرتبط با نیازهای حرفه‌ای و تخصصی» شده است.

۶- همچنین، در فصل پنجم دستورالعمل جدید، نحوه نظارت بر کارآیی و اثربخشی عملکرد مدیران ارشد و کمیته‌ها با مسوولیت «مدیریت کل نظارت بر بانک‌ها و موسسات اعتباری بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران» تعریف و اضافه شده است.

همان‌گونه که ملاحظه می‌شود، بانک مرکزی با صدور دستورالعمل‌های مذکور و انجام اصلاحات در طول زمان، به‌دنبال بهبود وضعیت عملکرد واحدهای نظارتی در حوزه‌های ذکر شده است. به‌رغم اینکه تا رسیدن به نتیجه مطلوب راه طولانی در پیش است، اما اهتمام بانک مرکزی به این موضوع نویدبخش نگاه مثبت به این واحدها و اهمیت آنها در بهبود وضعیت سلامت و شفافیت بانک‌ها است. اما صدور دستورالعمل شرط لازم برای دستیابی به این هدف است و کافی نیست. بهبود جایگاه واحدهای نظارتی در بانک‌ها و موسسات اعتباری و اصلاح «نگاه بازدارنده توسط واحدهای اجرایی و مدیران ارشد بانک‌ها و موسسات اعتباری به این واحدها»، گام نخستی است که باید در این راه برداشته شود. نگاهی به تاریخچه و علت شکل‌گیری این واحدها/  وظایف در بانک‌های بین‌المللی نیز موید این مطلب است که توجه نکردن به قوانین و مقررات و عدم رعایت استانداردهای حرفه‌ای، موجب بروز ریسک‌ها و زیان‌های قابل توجهی به بانک‌ها خواهد شد که می‌تواند به راحتی یک بانک را به دامنه ورشکستگی سوق دهد. وقایع مربوط به شرکت انرون (Enron)، اتفاقات مربوط به بحران مالی ۲۰۰۷، پولشویی‌ها و تامین مالی‌های انجام شده برای فعالیت‌های تروریستی در سراسر دنیا از جمله تامین مالی فعالیت‌های تروریستی داعش و نمونه‌های بسیار زیادی که وقایع مربوط به دنسکه بانک (Danske Bank) دانمارک و دویچه بانک آلمان در حوزه پولشویی، همگی موید اهمیت عملکرد درست، دقیق، و شفاف واحدهای نظارتی در پایداری سودآوری بانک‌ها است.

در مجموع برای تحقق هدف ایجاد و تقویت سلامت و ثبات در نظام بانکی از طریق پیاده سازی ضوابط حاکمیت شرکتی، پشتیبانی و حمایت بانک مرکزی، اهتمام بانک‌ها، و افزایش دانش و مهارت مدیران و همکاران بانک مرکزی و شبکه بانکی در حوزه‌های حسابرسی داخلی، ریسک، و تطبیق مقررات و مبارزه با پولشویی باید همزمان مورد توجه قرار بگیرد.