به گزارش دفتر روابط‌عمومی و امور بین‌الملل دیوان محاسبات کشور،  حدود ۴۱ درصد از احکام برنامه ششم توسعه به لحاظ تصویب مقررات مدنظر قانون بلاتکلیف است و در بخش تصویب مقرراتی که دارای فرصت زمانی بودند، تنها ۴/ ۲ درصد احکام در زمان مقرر حکم تصویب شده و ۶/ ۵۳ درصد از مصوبه‌ها خارج از فرصت زمانی قانون تصویب شده‌اند و ۴۴ درصد تاکنون محقق نشده است.  براساس  این گزارش،  بررسی شاخص‌ها نشان می‌دهند نرخ رشد جمعیت کشور روندی نزولی داشته به‌طوری که ۲۴/ ۱ درصد به یک درصد کاهش یافته است. در قانون برنامه ششم توسعه دستیابی به متوسط رشد سالانه ۸ درصدی هدف‌گذاری شده بود که در عمل طی سال‌های ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۸ نرخ رشد اقتصادی کشور به ترتیب ۷/ ۳ درصد، منفی ۴/ ۵ درصد و منفی ۵/ ۶ درصد محقق شد. باید گفت که حسب اهداف قانون برنامه ششم توسعه ۸/ ۲ درصد از رشد ۸ واحد درصدی سالانه از محل رشد بهره‌وری کل عوامل تولید باید حاصل می‌شد که بررسی بهره‌وری عوامل تولید نشان می‌دهد در عمل طی سال‌های ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۸ رشد بهره‌وری به ترتیب ۲ درصد، منفی ۱/ ۶ درصد و منفی ۹/ ۶ درصد بوده است.

گزارش دیوان محاسبات کشور در حوزه اشتغال نیز نشان می‌دهد با وجود اینکه متوسط رشد سالانه اشتغال ۹/ ۳ درصد و کاهش نرخ بیکاری به میزان حداقل سالانه ۸/ ۰ درصد در طول سال‌های برنامه در نظر گرفته شده است، سند ملی کار شایسته بسیار با تاخیر تهیه و تصویب شد و میانگین «نرخ بیکاری» در سال‌های ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۸ بالغ بر ۶/ ۱۱ درصد شد که نسبت به الزام تعیین شده در برنامه حدود ۴/ ۱ واحد درصد انحراف مشاهده نشان می‌دهد. با توجه به اینکه ضریب جینی کشور باید از ۳۹/ ۰ به ۳۴/ ۰ کاهش پیدا می‌کرد ولی گزارش دیوان محاسبات کشور حاکی است بین سال‌های ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۸ وضعیت توزیع درآمد در کشور به مراتب بدتر شده و نسبت به هدف‌گذاری در برنامه ششم توسعه انحراف قابل‌توجهی وجود دارد.

در این گزارش آمده است متوسط سالانه رشد نقدینگی در عمل حدود ۱۷ درصد انحراف نسبت به هدف‌گذاری انجام شده در برنامه (به میزان ۱۷ درصد رشد نقدینگی هدف‌گذاری شده در برنامه) وجود دارد. نرخ تورم از ۹/ ۶ درصد در سال ۱۳۹۵ (سال پایه) به ۸/ ۳۴ درصد در سال ۱۳۹۸ افزایش یافته است، درحالی‌که حسب پیش‌بینی‌های انجام شده در قانون برنامه ششم توسعه، متوسط نرخ تورم در طول سال‌های برنامه ۸/ ۸ درصد تعیین شده است.

براساس گزارش دیوان محاسبات کشور، در سال‌های مختلف حاکمیت قانون برنامه ششم توسعه، بودجه سنواتی انحراف قابل ملاحظه‌ای نسبت به قواعد مالی تعیین شده در قانون برنامه دارد. براین اساس دولت مجاز بوده حداکثر به میزان ۱۵ درصد از سقف تعیین شده برای «اعتبارات هزینه‌ای» در برنامه برای سال ۱۴۰۰ اعتبار پیش‌بینی کند، درحالی‌که حدود ۴۲ درصد انحراف در این حکم دیده می‌شود. همچنین به‌‌رغم اینکه در نگاه اول وابستگی بودجه به منابع حاصل از صادرات نفت‌خام و میعانات‌ گازی و خالص صادرات گاز طبیعی حدود ۲۴ درصد است اما بررسی دقیق‌تر لایحه نشان می‌دهد شاخص مذکور حداقل ۵۰ درصد است و از برنامه انحراف دارد.

در بخش صندوق توسعه ملی نیز بررسی قوانین بودجه حاکی از عدم‌تحقق اهداف قانون‌گذار است. در سال ۱۳۹۶ تنها ۳۰ درصد در عمل رعایت شده است. در سال ۱۳۹۷ به‌رغم تصویب ۳۲ درصدی در قانون بودجه با استفاده از مصوبه سران سهم، در عمل به ۲۰ درصد کاهش یافت. در سال‌های ۹۸ و ۹۹، سهم صندوق توسعه ملی ۲۰ درصد و سهم دولت از منابع ورودی صندوق توسعه به ترتیب ۱۴ و ۱۶ درصد تعیین شد.  گزارش دیوان محاسبات کشور نشان از آن دارد که در بودجه‌های دولتی که باید برشی از احکام برنامه باشد، در نهایت بدون توجه به برنامه‌ها، احکام مصوب شده است. به‌طور نمونه افزایش حقوق کارکنان در برنامه متناسب با نرخ تورم، ممنوعیت هرگونه تخفیف، ترجیح یا معافیت مالیاتی جدید طی سال‌های اجرای قانون برنامه، عدم‌پوشش خطرات افزایش ‌سالانه بیش از ۱۰ درصد نرخ ارز در بودجه سنواتی، رسیدن ضریب نفوذ بیمه‌های بازرگانی در طول اجرای برنامه به ۷ ‌درصد که در عمل در سال ۹۵ ضریب نفوذ بیمه ۲/ ۲ درصد بوده و در پایان سال ۹۸به ۲/ ۵۲ درصد رسیده، عدم‌تحقق تامین منابع مالی خارجی تا متوسط سالانه ۳۰ میلیارد دلاری از خطوط اعتباری خارجی، عدم‌تحقق توازن منطقه‌ای، توسعه روستایی و توانمندسازی اقشار آسیب‌پذیر، مبنی بر کاهش آسیب‌های اجتماعی به ۲۵ درصد، کاهش جمعیت حاشیه‌نشین به میزان ۱۰ درصد، عدم‌تحقق اهداف در حوزه کشاورزی همچون رشد سالانه حداقل ۵درصد شاخص‌های برخورداری تعیین‌شده در ساماندهی عشایر، افزایش ضریب ماشینی کردن سالانه حداقل ۱۲/ ۰ اسب‌بخار در هکتار، تخصیص حداقل ۲۰درصد منابع صندوق‌های حمایت از بخش کشاورزی جهت تسهیلات برای صادرات این بخش  و کاهش حداقل ۱۰درصدی شکاف قیمت دریافتی تولیدکنندگان و قیمت پرداختی مصرف‌کنندگان نهایی این محصولات درطول اجرای قانون برنامه. در حوزه آب و محیط زیست به‌رغم اقدامات مختلف، اهداف قانون‌گذار در احیای حداقل ۲۰ درصد تالاب‌‌های بحرانی و در معرض تهدید کشور، بیابان‌زدایی وکنترل کانون‌های بحرانی آن حداقل در سطح یک ‌میلیون و ۱۴۰‌هزار هکتار محقق نشده است. در حوزه انرژی اهداف قانون‌گذار در رابطه با اهداف کاهش ۵ درصد تلفات انرژی در بخش ساختمان، ایجاد ظرفیت پالایش مقدار ۲میلیون و ۷۰۰ هزار بشکه در روز نفت خام و میعانات گازی با ضریب پیچیدگی بالا توسط بخش غیردولتی، افزایش ۱۰۰میلیون تن ظرفیت تولید محصولات پتروشیمی کشور و کاهش مصرف انرژی و کربن در ناوگان حمل‌ونقل با شماره‌گذاری خودروهایی که شرایط یورو و تاثیرگذاری در بازار جهانی نفت و گاز در حوزه انرژی محقق نشده است. در حوزه بازآفرینی بافت‌های ناکارآمد شهری از قبیل احیا، بهسازی، نوسازی و مقاوم‌سازی و بازآفرینی سالانه حداقل ۲۷۰ محله، تامین منابع مالی و تسهیلات ارزان‌قیمت و زمین موردنیاز برای کمک به ساخت یا خرید سالانه حداقل ۱۵۰‌هزار واحد مسکن اقشار کم درآمد در شهرها (با اولویت شهرهای زیر ۱۰۰‌هزار نفر جمعیت)، بهسازی و نوسازی سالانه حداقل ۲۰۰ هزار واحد مسکونی روستایی با پرداخت تسهیلات ارزان‌قیمت با کارمزد ۵ درصد تامین منابع مالی و تسهیلات ارزان‌قیمت و زمین موردنیاز برای کمک به ساخت یا خرید سالانه حداقل ۱۵۰ هزار واحد مسکن اقشار کم‌درآمد در شهرها (با اولویت شهرهای زیر ۱۰۰ هزار نفر جمعیت) و احیا و بهسازی حداقل ۱۰ درصد از بافت‌های فرسوده شهری، اهداف مدنظر قانون‌گذار محقق نشده ‌است.