اعمال مشوق‌های مالیاتی مناسب برای بخش تحقیق و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان نقش بسیار مهمی در ارتقا و رشد این شرکت‌ها و در نتیجه توسعه کسب و کار‌های دانش‌بنیان در کشور دارد. امروزه کشورهای توسعه یافته با توسعه فناوری‌ها و در نتیجه افزایش بهره‌وری تولید کالا، سبب بهبود خدمات و ازدیاد ارزش افزوده اقتصادی خود شده‌اند. به این دلیل بسیاری از کشورهای در حال توسعه برای رسیدن به این وضعیت مطلوب تلاش می‌کنند تا زمینه‌های مناسب را برای استقرار این نظام‌ها فراهم سازند. زیرساخت‌های فنی لازم برای تولید، کاربرد دانش و شکل‌گیری نوآوری برای ایجاد و بسط اقتصاد دانش محور، اموری هستند که باید از سوی سیاست‌گذاران قرن بیست و یکم مورد توجه قرار گیرند. از آنجا که شرکت‌های دانش‌بنیان دارایی‌های نامشهود بالایی داشته و به نوآوری به‌عنوان یک منبع رقابتی تکیه دارند بنابراین اهداف این نوع شرکت‌ها از طریق تحقیق و توسعه برآورده می‌شود. بخش تحقیق و توسعه به دلیل نیاز به پشتوانه مالی قوی باید مورد حمایت دولتمردان قرار گیرد. شرکت‌های دانش‌بنیان موتور محرک اقتصادهای دانش محور و فناوری‌های نوین هستند. در ایران نیز قانون گذار برای حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان و همچنین واحدهای فناوری و پژوهشی و مهندسی مستقر در پارک‌های علم و فناوری ۱۵سال اعمال نرخ صفر مالیاتی در نظرگرفته است.

پیش شرط برخورداری از تسهیلات مالیاتی (استفاده از نرخ نرخ صفر)، منوط به رعایت شرایطی از جمله: داشتن مجوز قانونی از معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و اعلام آن به‌عنوان مصادیق شرکت‌های دانش‌بنیان و فناوری، داشتن مجوز برای واحدهای مستقر در پارک علم و فناوری از طرف ریاست پارک، ارائه اظهارنامه، تراز نامه حساب سود و زیان و دفاتر و اسناد و مدارک در مهلت مقرر قانونی به اداره امور مالیاتی مربوطه است.

درصورت برخوردار بودن فعالیت اقتصادی از مشوق‌های مالیاتی درآمد مشمول مالیات فعال اقتصادی با نرخ صفر محاسبه می‌شود. معافیت مالیاتی شرکت‌های دانش‌بنیان از جمله راهکارهای ارتقای فعالیت‌های دانش محور است که در راستای حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان در نظر گرفته شده است. پایدارترین رشد اقتصادی دنیا مربوط به اقتصادهای دانایی‌محور است و فاکتور مهم این اقتصادها شرکت‌های کوچک دانش‌بنیان هستند. وجود مشکلات پیش رو سبب شکست آنها در سال‌های ابتدایی تاسیس می‌شود. اما دولت‌ها می‌کوشند به همراه نظارت، راهبری و حمایت از بخش‌خصوصی و کسب و کارهای نوپای آن، زمینه‌های مناسب را برای ارتقای واحدهای فعال اقتصادی خصوصی فراهم کنند. نکته حائز اهمیت آن‌که به‌موجب اصلاحیه قانون مالیات‌های مصوب تیرماه ۱۳۹۴ (لازم‌الاجرا از ابتدای سال ۱۳۹۵) اعمال هرگونه تسهیلات مالیاتی (شمول نرخ صفر) برای همه فعالان اقتصادی ازجمله شرکت‌های دانش‌بنیان،تسلیم اظهارنامه مالیاتی در موعد مقرر قانونی است.

در اجرای مواد( ۲۰و ۲۱ )آیین نامه اجرایی، درآمد مشمول مالیات شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان ناشی از قرارداد‌ها و فعالیت‌های تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش‌بنیان در حوزه فناوری‌های برتر و با ارزش‌افزوده فراوان به ویژه در تولید نرم‌افزارهای مربوط، توسط همان شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان به مدت ۱۵ سال پس از تاریخ صدور مجوز برای هر شرکت یا موسسه دانش‌بنیان از مالیات موضوع ماده (۱۰۵) قانون مالیات‌های مستقیم و همچنین پرداخت عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی معاف هستند. همچنین در اجرای ماده (۲۸) آیین‌نامه اجرایی قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات و تبصره الحاقی آن، واحدهای فناوری (پژوهشی و فناوری و مهندسی) مستقر در پارک‌های علم و فناوری که با مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ایجاد می‌شوند و در جهت انجام ماموریت‌های محوله به فعالیت اشتغال دارند، نسبت به درآمدهای حاصل از فعالیت‌های یاد شده در مجوز که صرفا در پارک‌های علم و فناوری تحقق می‌یابد از تاریخ صدور مجوز توسط مدیریت (رئیس) پارک از معافیت مالیاتی موضوع ماده (۱۳) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب ۱۳۷۲ و اصلاحیه‌های بعدی آن با رعایت سایر مقررات آیین‌نامه اجرایی ماده ۴۷ قانون برنامه پنج ساله چهارم توسعه برخوردار خواهند بود.