شورای نگهبان در این باره نامه‌ای به علی لاریجانی رئیس مجلس نوشت و تاکید کرد: «مصوبه از این جهت که مشخص نیست آیا اختیارات فرماندهی معظم کل قوا را محدود به دستگاه متبوع می‌کند یا خیر و نیز از این جهت که رابطه آن با اجازات خاصه مقام معظم رهبری مدظله العالی روشن نیست، ابهام دارد.» کدخدایی در پاسخ به اینکه آیا ایراد شورای نگهبان متوجه به کارگیری مجدد فرماندهان نظامی بازنشسته است یا نه، به ایرناپلاس گفت: ما به مصادیق ورود نکردیم. مقصود ما اختیارات فرماندهی کل قواست. با عنایت به دو بندی که در متن است، این احتمال وجود دارد که این اختیارات محدود شود. به همین دلیل تصمیم بر این شد، در این باره از مجلس سوال کنیم تا موضوع روشن شود و در آینده درباره آن اعلام نظر کنیم. او ادامه داد: از آنجایی که این بند خاص نیروهای مسلح است، این سوال مطرح می‌شود که آیا مصوبه جدید اختیارات رهبری را محدود کرده است یا نه، به همین دلیل از مجلس خواستیم یا درباره آن توضیح دهند یا آن را اصلاح کنند.