متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

درگذشت عالم مجاهد جناب حجت‌الاسلام‌والمسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری رحمت‌الله علیه را به خاندان گرامی و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان در تهران و آذربایجان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم بزرگوار از جمله موفق‌ترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاش‌ها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه تبریز فراموش نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه علمیه تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت می‌کنم.

سید علی خامنه‌ای

۲۷ آبان ۱۴۰۰

  پیکر آیت‌الله مجتهد شبستری در قم آرام گرفت

درهمین حال به گزارش «ایسنا»، پیکر آیت‌الله مجتهد شبستری نماینده سابق ولی فقیه در استان آذربایجان شرقی در حرم حضرت معصومه (س) به خاک سپرده شد.  اقامه نماز میت نیز با حضور و امامت آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی از مراجع عظام تقلید در صحن بالاسر حرم برگزار شد. پس از آن نیز پیکر آن مرحوم در همین صحن به خاک سپرده شد.