در پی چند ماه تظاهرات اعتراضی، در روز ۱۱ آوریل ارتش سودان برکناری عمر البشیر، رئیس‌جمهوری سابق را پس از نزدیک به ۳۰ سال زمامداری اعلام کرد و گفت که یک شورای نظامی زمام امور را در دست گرفته است. روز گذشته، دادستانی سودان گفت که رئیس‌جمهوری سابق در ارتباط با کشته شدن چند نفر در جریان تظاهرات ضد دولتی به مشارکت در قتل متهم شده و تحت پیگرد قانونی قرار خواهد گرفت. در این شرایط ژنرال یاسر العطا گفت که توافق شده است قدرت بین معترضان و ارتش تقسیم شود. او تصریح کرد که دو طرف روی انتقال قدرت در سه سال توافق کردند.  در پی اعلام تشکیل شورای نظامی، گروه‌های مخالف با ادامه تظاهرات و تحصن خواستار استقرار دموکراسی و تشکیل یک دولت غیرنظامی شدند و بین ائتلاف برای آزادی و تغییر، متشکل از گروه‌های مخالف و شورای نظامی مذاکراتی در جریان بوده است. سخنگوی شورای نظامی به رسانه‌ها گفته است که براساس توافق به‌دست آمده، دوره انتقالی سه سال به طول خواهد انجامید و در این مدت، یک شورای حکومتی متشکل از نظامیان و غیرنظامیان اداره امور را در دست خواهد داشت. وی گفت که مذاکرات برای تعیین ترکیب این نهاد بین شورای نظامی و ائتلاف برای آزادی و تغییر ادامه دارد و ابراز امیدواری کرد که نتیجه مذاکرات به زودی اعلام شود. این عضو شورای نظامی گفت که ما متعهد می‌شویم ظرف ۲۴ ساعت ترتیباتی اتخاذ کنیم که آمال و انتظارات مردم برای آزادی را برآورده کند. به گفته این مقام نظامی، اولین وظیفه شورای حکومتی جدید این است که ظرف شش ماه اول روند حصول توافق صلح با شورشیان در مناطق درگیری شامل دارفور، نیل آبی و کوردوفان را تکمیل کند.

در دوره زمامداری عمر البشیر ساکنان این مناطق به دلایل مختلف از جمله تحمیل برخی قوانین و محدودیت‌های آزادی و فرهنگی و تبعیض قومی دست به شورش زدند که درجریان آن هزاران نفر کشته شدند. علاوه بر ارتش سودان، گروه‌های شبه‌نظامی تحت امر حکومت نیز در این جنگ‌ها دخیل بود. گفته می‌شود که نظامیان نخست خواستار یک دوره دو ساله انتقالی و مخالفان خواستار یک دوره چهارساله بودند. درحال‌حاضر، قدرت حکومتی در دست شورای نظامی است و در ادامه مذاکرات، باید ترکیب شورای حکومتی جدید تعیین شود. نظامیان خواستار آن هستند که شورای حکومتی تحت رهبری ارتش باشد و این ترتیبات را برای استقرار امنیت لازم می‌دانند اما مخالفان گفته‌اند که اکثریت اعضای آن را باید غیرنظامیان تشکیل دهند.

در حال حاضر، تحصن مخالفان در برابر مرکز فرماندهی نیروهای مسلح سودان ادامه دارد و آنان گفته‌اند که تا رسیدن به نتیجه نهایی، در همین محل باقی خواهند ماند. در این راستا روز سه‌شنبه، به سوی تحصن‌کنندگان تیراندازی شد که در نتیجه آن سه غیرنظامی و یک سرگرد ارتش کشته و تعدادی زخمی شدند. مخالفان گفته‌اند که شبه‌نظامیان و لباس شخصی‌های طرفدار رژیم سابق به منظور ایجاد اختلاف و بر هم زدن روند مذاکرات سیاسی دست به این اقدام زدند. آنان در عین حال ارتش را به خاطر کوتاهی در حفاظت از معترضان مسوول دانستند و خواستار توضیحاتی در این زمینه شدند. عمر البشیر در سال ۱۹۸۹ در یک کودتای نظامی به قدرت رسید. در سال‌های بعد، انتخابات ریاست جمهوری و پارلمانی متعددی در سودان برگزار شد که در تمامی آنها، عمر البشیر و نامزدهای مورد تایید او به قدرت رسیدند. در طول زمامداری عمر البشیر، سودان درگیر جنگ داخلی از جمله در سودان جنوبی و دارفور بود که هزاران کشته و زیان‌های مالی گسترده‌ای در پی داشت. جنگ در جنوب سرانجام با جدایی بخشی از خاک سودان و تشکیل کشور مستقل سودان جنوبی خاتمه یافت. در سال ۲۰۰۸، دادستان دادگاه کیفری بین‌المللی عمر البشیر را به ارتکاب نسل‌کشی، جنایت علیه بشریت و جرائم جنگی در جنگ دارفور متهم و حکم بین‌المللی بازداشت او را صادر کرد.