یک نقطه تمرکز پاکستان بوده است. سیا سال‌هاست برای انجام حملات پهپادی علیه شبه نظامیان در کوه‌های غربی پاکستان از پایگاهی در این کشور استفاده می‌کرد اما در سال ۲۰۱۱  از این پایگاه بیرون رانده شدند یعنی زمانی که روابط با پاکستان دچار فراز و فرود شد. اکنون هر معامله‌ای باید حول این واقعیت ناراحت‌کننده بگردد که دولت پاکستان مدت‌ها از طالبان حمایت کرده است. به گفته سه مقام آمریکایی آشنا به این مباحث، در مذاکرات میان مقام‌های آمریکایی و پاکستانی، پاکی‌ها خواستار محدودیت‌های گوناگون برای آمریکایی‌ها در ازای استفاده از این پایگاه شده‌اند و در عمل سیا و ارتش آمریکا را ملزم کرده‌اند که هیچ هدفی را در داخل افغانستان مورد حمله قرار ندهند. دیپلمات‌ها همچنین در حال بررسی گزینه دسترسی مجدد به پایگاه‌های جمهوری‌های سابق شوروی هستند که برای جنگ افغانستان استفاده می‌شد، هرچند آنها انتظار دارند که ولادیمیر پوتین، رئیس جمهور روسیه، به شدت با این اقدام مخالفت بورزد. گزارش‌های اطلاعاتی- نظامیِ اخیرِ سیا در مورد افغانستان به طور فزاینده‌ای بدبینانه شده است. به گفته چند مقام آشنا با این ارزیابی‌ها، آنها دستاوردهای طالبان و سایر گروه‌های شبه نظامی در جنوب و شرق را برجسته کرده و هشدار داده‌اند که کابل می‌تواند ظرف چند سال به دست طالبان سقوط کند و به یک پناهگاه امن برای ستیزه جویانی که قصد حمله به غرب را دارند تبدیل شود.

در نتیجه، مقام‌های آمریکایی ضرورت حضور طولانی‌مدت اطلاعاتی - علاوه‌بر عملیات ضد تروریستی ارتش و سیا – در افغانستان را مدت‌ها پس از مهلتی که بایدن برای خروج سربازان از کشور تعیین کرده است می‌بینند. اما تقلا برای این پایگاه‌ها نشان می‌دهد که چگونه مقام‌های آمریکایی هنوز فاقد یک برنامه بلندمدت برای رسیدگی به مسائل امنیتی در کشوری هستند که تریلیون‌ها دلار خرج آن کرده و بیش از ۲۴۰۰ نفر از سربازانشان هم طی نزدیک به دو دهه در افغانستان جان خود را از دست داده اند. ویلیام جی. برنز، میر سیا، چالش‌هایی که این سازمان با آن مواجه است را تصدیق کرده است. او در ماه آوریل به سناتورها گفت:«وقتی زمان برای خروج نیروهای آمریکایی فرا رسد، توانایی دولت آمریکا برای جمع‌آوری و عمل در مورد تهدیدها کاهش می‌یابد. این یک واقعیت است.» برنز در هفته‌های اخیر دیداری سرزده با فرمانده کل ارتش پاکستان و رئیس سازمان اطلاعات این کشور داشت. به گفته چند مقام آمریکایی آشنا به گفت‌وگوها، «لوید جی. آستین»، وزیر دفاع آمریکا، بارها با فرمانده ارتش پاکستان در مورد کمک گرفتن از این کشور برای عملیات آینده ایالات‌متحده در افغانستان تماس داشته است.

به گفته برخی افرادی که در این دیدار حضور داشتند، برنز در سفر خود به پاکستان مساله پایگاه را مطرح نکرد؛ این دیدار بر همکاری گسترده‌تر ضد تروریستی میان دو کشور متمرکز بود. به گفته افرادی که در دیدارهای آستین با مقام‌های پاکستانی حضور داشتند، حداقل برخی دیدارهای وزیر دفاع آمریکا با مقام‌های پاکی صریح‌تر و مستقیم‌تر بوده است. وقتی از سخنگوی پنتاگون در مورد سفر برنز به پاکستان پرسیده شد، وی حاضر به اظهارنظر نشد. دو دهه جنگ در افغانستان به تبدیل سازمان جاسوسی به یک سازمان شبه نظامی کمک کرده است: این سازمان صدها حمله پهپادی در افغانستان و پاکستان انجام داده، واحدهای کماندویی افغان را آموزش داده و حضور گسترده افسران سیا در مجموعه‌ای از پایگاه‌ها در امتداد مرز با پاکستان را حفظ کرده است. در یک برهه در اولین دوره حضور اوباما در کاخ سفید، این آژانس چند صد افسر در افغانستان داشت که بیشترین تعداد پرسنل در یک کشور از زمان جنگ ویتنام به این سو بود. این عملیات‌ها هزینه بر بوده است. حملات شبانه از سوی واحدهای افغان آموزش دیده از سوی سیا باعث سوء استفاده‌هایی شد که نتیجه اش افزایش حمایت در بخش‌هایی از افغانستان به نفع طالبان بود. حملات پهپادی گاه و بیگاه در پاکستان موجب کشته شدن غیرنظامیان شد. نتیجه این امر، افزایش فشار بر دولت اسلام آباد بود تا حمایت خود از عملیات سیا را پس بگیرد و دیگر سکوت نکند.  

داگلاس لندن، رئیس سابق عملیات ضد تروریسم سیا در افغانستان و پاکستان، می‌گفت که این سازمان ممکن است به شبکه‌ای «پشت پرده» از مخبران و جاسوسان در افغانستان اتکا یابد که بتوانند اطلاعات را در مورد طالبان، القاعده، ثبات دولت مرکزی و دیگر موضوعات جمع‌آوری کنند. اما او افزود که بدون حضور گسترده سیا در این کشور، جمع‌آوری و بررسی اطلاعات یک چالش خواهد بود. این مقام اطلاعاتی که به زودی کتابش منتشر خواهد شد می‌افزاید:«وقتی شما امور را از خارج از کشور اداره می‌کنید، با واسطه‌ها سر و کار دارید.» در کوتاه مدت، پنتاگون از ناو هواپیمابر برای اعزام پهپادهای رزمی در افغانستان در راستای حمایت از عقب نشینی نیروها استفاده می‌کند. اما بعید است که حضور ناوها یک راه حل طولانی باشد و مقام‌های نظامی می‌گویند پس از خروج آخرین نیروها از افغانستان، احتمال به‌کارگیری این ناوها کم است. ایالات‌متحده هواپیماهای بدون سرنشین « MQ-۹ Reaper » را در منطقه خلیج فارس مستقر کرده است؛ هواپیماهایی که می‌توانند هم از سوی سیا و هم پنتاگون برای جمع‌آوری اطلاعات و انجام حمله مورد استفاده قرار گیرند.  اما برخی از مقام‌ها نسبت به این گزینه‌های به اصطلاح «موجود در افق» که برای پروازِ بیش از ۹ ساعت در هر سورتی پرواز برای ماموریت در افغانستان نیازمند به هواپیما و پهپادها است احتیاط به خرج می‌دهند. این می‌تواند عملیات را پرهزینه‌تر سازد زیرا مستلزم پهپادها و سوخت بیشتر است و خطرناک‌تر هم هست؛ زیرا نیروهای تقویت‌کننده و مورد نیاز برای حملات کماندویی نمی توانند به سرعت طی یک بحران سر برسند. پاکستان سال‌هاست که یکی از حامیان طالبان محسوب می‌شود؛ این کشور طالبان را به مثابه یک گروه نیابتی در افغانستان علیه گروه‌های دیگری می‌بیند که با هند پیوند دارند.

سازمان جاسوسی پاکستان سال‌هاست که آموزش و سلاح به طالبان می‌دهد و نیز رهبران این گروه را نیز مورد حمایت قرار داده و پناهگاه‌هایی در اختیارشان می‌گذارد. دولت مستقر در اسلام آباد بعید است حملات ایالات‌متحده به طالبان در افغانستان را مورد حمایت قرار دهد؛ آن هم از طریق پایگاه‌های مستقر در پاکستان. اگرچه برخی مقام‌های آمریکایی می‌گویند که پاکستان مایل است پایگاهی را در اختیار ایالات‌متحده قرار دهد به این شرط که خودش نحوه استفاده از آن را تحت کنترل داشته باشد، اما افکار عمومی این کشور به شدت مخالف حضور آمریکاست.

شاه محمود قریشی، وزیر امور خارجه پاکستان، ماه گذشته به نمایندگان پارلمان کشورش گفت که دولت اجازه بازگشت ارتش آمریکا به پایگاه‌های هوایی کشور را نمی دهد. قریشی گفت:«گذشته را فراموش کنید. می‌خواهم به پاکستانی‌ها بگویم که عمران خان تا زمانی که قدرت را در اختیار دارد هیچ پایگاهی در اختیار ایالات‌متحده قرار نخواهد داد». برخی مقام‌های آمریکایی گفتند که در حال حاضر مذاکرات با پاکستان به بن بست رسیده است. برخی دیگر گفته اند که این گزینه همچنان روی میز است و معامله امکان پذیر است. سیا طی بحرانی که در سال ۲۰۰۸ آغاز شد از پایگاه هوایی «شمسی» در غرب پاکستان برای انجام صدها حمله پهپادی استفاده کرد که تا اوایل دولت اوباما به طول انجامید. این حملات عمدتا بر عوامل مشکوک القاعده در مناطق قبیله‌ای و کوهستانی پاکستان متمرکز بود، اما این عوامل همچنان از مرز افغانستان در حال تردد بودند.