محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین، هسته اولیه سازمان مجاهدین خلق (منافقین) را تشکیل دادند، اما فرمانده و لیدر سازمان، حنیف‌نژاد بود و بقیه گرد او می‌چرخیدند و او را محمد آقا صدا می‌کردند.

حنیف‌نژاد پس از سرکوب قیام ۱۵ خرداد توسط رژیم شاه به این نتیجه رسیده بود که روش جریانات رفرمیستی مانند نهضت آزادی به جایی نخواهد رسید و کشتار مردم در قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ شمسی که دست خالی بودند نشان داد که نمی‌شود با شیوه‌های مسالمت‌آمیز ادامه داد. راهی جز مبارزه مسلحانه با رژیم سرکوبگر شاهنشاهی باقی نمانده است و حکومت محمدرضا پهلوی اصلاح‌پذیر نیست. 

البته عامل دیگری که حنیف‌نژاد و بنیانگذاران سازمان را به فکر مبارزه مسلحانه کشاند، تاثیرپذیری از جنبش‌های انقلابی و مارکسیستی معاصر در جهان بود که آن روزها در جهان رواج داشت؛ به طوری که مصطفی شعاعیان در کتاب «چند نگاه شتاب زده» نوشت: «جنبش انقلابی لائوس... حماسه پیروزمندانه توده ویتنام، پیروزی رزمی کوبا، رویش مبارزان انقلابی در آمریکای لاتین، دامن گرفتن ستیزه‌های ضداستعماری در آفریقا، بالا گرفتن زبانه‌های انقلاب در سراسر هند و چین... رخدادهای شورانگیز بیماری خاورمیانه عربی...، آغاز جرقه‌های انقلابی در فلسطین و آتشباری آن، یکباره بگوییم فراز  انقلاب و اعتراضات قهرآمیز و مسلحانه در سراسر پهنه جهانی، آشکارا جهان مجمر انقلاب شده است».

موسسان سازمان و حنیف‌نژاد به همراه عده‌ای محدود سه سال و نیم مطالعه کردند و به تهیه جزواتی پرداختند. نخستین جزوه‌ای که از گروه ایدئولوژی سازمان تدوین شد، «شناخت» بود. این جزوه توسط حسین روحانی، نیروی زیردست حنیف‌نژاد منتشر شد و بر اساس مبانی مارکسیستی ـ اسلامی نوشته شد.

البته جست‌وجوی حنیف‌نژاد برای یافتن تئوریسین‌های دینی به دلیل بی‌اعتنایی به روحانیت ره به جایی نبرد؛ به گونه‌ای که عزت الله سحابی از نگرانی‌ها و دغدغه‌های محمد حنیف‌نژاد یاد می‌کند و می‌گوید: محمد بسیار نگران این بود که بچه‌های سازمان مجاهدین خلق از نظر فکری و عقیدتی بسیار خام و ناپخته هستند و به روایتی فاقد بینش و نگرش اعتقادی عمیق هستند.

به تعبیر سحابی، «محمد آقا» متوجه شده بود ماشینی را که ساخته و به راه انداخته بیشتر به سمت چپ منحرف می‌شود و دارای انحراف و کج‌روی است و ممکن است به سمت و سویی رود که سرانجام خوشی در انتظار آن نباشد.

حتی این نگرانی تا آنجا ادامه پیدا کرد که بعد از اینکه سازمان لو رفت و رهبران آن محکوم به اعدام شدند، حنیف‌نژاد به محمدحسن عبد یزدانی اطلاع داد تا تمام جزوه‌ها و اسنادی را که بوی التقاط می‌داد، بسوزاند. آنها را برای مطالعه افراد رده بالای درون سازمان تهیه کرده بود و یزدانی به همراه عباس داوری آن جزوه‌ها را سوزاند.

بسیاری از روحانیون از جمله شهید مطهری تا قبل از مطالعه آثار سازمان از آنها حمایت می‌کردند، اما بعد از خواندن آثار آنها از حمایتشان دست برداشتند. از جمله شهید مطهری بعد از آن که جزوه «شناخت» سازمان را خواند به منتقدان سازمان پیوست.

حنیف‌نژاد و سازمان به افکار مارکسیستی بسنده نکرد و به قرائتی از اسلام نیز باور داشت؛ قرائتی که با التقاط آن با باورهای مارکسیستی بتوان علیه حکومت پهلوی مبارزه مسلحانه را تئوریزه کرد.

در واقع، او به دنبال قرائتی از اسلام می‌گشت که با کمک آن بتوان مشی و مسلک مبارزه‌جویی را توجیه کرد. به عبارت ساده، او به دنبال برداشتی از دل تاریخ تشیع بود که مشی مبارزه مسلحانه را متناسب با زمان دوران پهلوی پیدا کند. مضاف بر این، او در پی طرح‌ریزی منظومه‌ای فکری و چهارچوبی عقیدتی بود که ترکیب مارکسیسم با اسلام را ممکن سازد و آن دو را با صلح و مدارا کنار یکدیگر نشاند؛ ترکیبی که در آن جای اسلام و مارکسیسم مشخص باشد.

ضربه سخت ساواک به سازمان و اعدام برخی از سران آن

محمد حنیف‌نژاد سرانجام همراه چند تن از اعضای اصلی که در واقع سران سازمان مجاهدین خلق (منافقین) بودند در یک خانه تیمی در خرداد سال ۱۳۵۰ شمسی دستگیر شدند.

این عملیات که توسط ساواک برنامه‌ریزی شده بود به دستگیری سعید محسن، اصغر بدیع‌زادگان، مسعود رجوی و محمد حنیف‌نژاد منتهی شد. وی در نهایت همراه اصغر و محسن در سال ۱۳۵۱ شمسی به اعدام محکوم شد. البته او ابتدا به حبس ابد محکوم شد، منتها به دلیل عدم همکاری‌اش با ساواک و رژیم پهلوی در نهایت به اعدام محکوم شد. نکته جالب توجه در جریان این دستگیری آن بود که مسعود رجوی به علت همکاری با ساواک از مجازات اعدام و مرگ گریخت و به حبس ابد محکوم شد.

بخش سایت‌خوان، صرفا بازتاب‌دهنده اخبار رسانه‌های رسمی کشور است.