نرخ دریافتی موضوع این آیین‌نامه به ازای هر مترمکعب برداشت آب از آبخوان‌ها تا سقف ۳۰۰ریال تعیین و روش محاسبه آن به صورت «یک‌درصد درآمد هر هکتار کشت غالب در هر شهرستان تقسیم بر میانگین نیاز آبی هر هکتار کشت غالب در همان شهرستان» خواهد بود.مجموع مبالغ قابل دریافت برای چاه‌های کشاورزی مجاز فعال که به دستگاه شمارشگر (کنتور) مجهز هستند، براساس حجم آب مصرفی در سقف میزان بهره‌برداری مندرج در پروانه بهره‌برداری محاسبه و برای چاه‌های کشاورزی مجاز فعال دارای پروانه بهره‌برداری فاقد دستگاه شمارشگر (کنتور) براساس ۲/ ۱ برابر ظرفیت پروانه بهره‌برداری آنها محاسبه خواهد شد. سازمان برنامه و بودجه کشور با رعایت ترتیبات مقرر در قانون برنامه و بودجه کشور، متناسب با مبالغ وصولی، اعتبار دستگاه اجرایی ذی‌ربط را ابلاغ و نسبت به مبادله موافقت‌نامه و صدور تخصیص از محل مربوط، اقدام می‌کند. شرکت مدیریت منابع آب ایران، شرکت مهندسی آب و فاضلاب کشور، وزارت جهاد کشاورزی و سازمان منابع طبیعی و آبخیزداری کشور نیز موظفند اعتبارات ابلاغی را متناسب با وصولی هر استان به همان استان ابلاغ کنند. اعتبارات ابلاغی به کشاورزان خسارت‌دیده از خشکسالی از طریق صندوق بیمه محصولات کشاورزی، خسارت نکشت به کشاورزان همان منطقه، برنامه‌های تعادل‌بخشی، حمایت و اجرای طرح‌های آبخیزداری و اجرای طرح‌های افزایش بهره‌وری آب و آبرسانی به روستاهای شهرستان‌های محل استقرار سد هزینه می‌شود.همچنین ۷۰‌درصد مبالغ وصولی در سقف ردیف مذکور به شرکت‌‌‌ مدیریت منابع آب ایران و شرکت مهندسی آب و فاضلاب کشور و ۳۰‌درصد مابقی به وزارت جهاد کشاورزی و سازمان منابع طبیعی و آبخیزداری کشور ابلاغ می‌شود. سهم حمایت و اجرای طرح‌‌‌های آبخیزداری و آبرسانی به روستاهای شهرستان‌‌‌های محل استقرار سد حداقل معادل ۵‌درصد کل اعتبار تعیین می‌شود.شرکت مدیریت منابع آب ایران موظف است ضمن پر و مسلوب‌المنفعه کردن چاه‌های غیرمجاز، جریمه مربوط به میزان برداشت آب را از تاریخ حفر تا زمان انسداد چاه در صورت کشت محصولات اساسی و راهبردی کشور، به ازای هر مترمکعب حداکثر ۳هزار ریال و در غیر‌این صورت به ازای هر مترمکعب آب حداکثر مبلغ ۶هزار ریال، متناسب با افت سفره و حجم کسری مخزن سفره حسب دستورالعمل ابلاغی وزیر نیرو از صاحبان چاه‌های مذکور دریافت و به حساب خزانه‌داری کل کشور واریز کند تا صرف برنامه‌های تعادل‌بخشی، آبخیزداری و اجرای طرح‌های افزایش بهره‌وری آب شود و استانداری‌ها و سایر دستگاه‌های اجرایی ذی‌ربط موظفند هماهنگی و همکاری لازم را در اجرای مفاد این آیین‌نامه با وزارتخانه‌های نیرو و جهاد کشاورزی به عمل آورند.دستگاه‌های اجرایی موضوع این آیین‌نامه نیز موظفند گزارش مبالغ وصولی به تفکیک هر استان و عملکرد نحوه هزینه‌‌‌کرد اعتبارات تخصیص‌یافته این آیین‌نامه را براساس اقدامات پیش‌بینی‌شده در موافقت‌نامه متبادله، هر سه ماه یک‌بار به سازمان برنامه و بودجه کشور و کمیسیون کشاورزی، آب، منابع طبیعی و محیط‌زیست مجلس شورای اسلامی ارائه کنند.