برابر مصوبه سال ۹۵ شورای شهر تهران، قیمت قبور باقی مانده از فاز ۲ بهشت زهرا شامل قطعات ۲۰۰ تا ۲۵۸ معادل ۷ میلیون و ۵۰۰ هزار تومان تعیین شده بود. در زمانی که شورا این نرخ را تصویب کرد، حدود ۹۰ درصد از ظرفیت فاز ۲ این آرامستان تکمیل شده بود. اما اکنون پیشنهاد شهرداری تهران افزایش ۲۰ درصدی قیمت این قبور و رسیدن به سطح ۹ میلیون تومان با توجه به تکمیل ۹۵ درصد از ظرفیت این فاز از بهشت زهرا(س) بود که با موافقت شورای شهر روبه‌رو شد. از این قبور می‌توان به‌عنوان قبرهای متعارف بهشت زهرا(س) با قیمت میانه یاد کرد. در عین حال قیمت قبور فاز یک بهشت زهرا(س) شامل قطعات یک تا ۱۱۲ که در زمره قطعات قدیمی با دسترسی آسان‌تر و قدری سرسبزتر به شمار می‌آیند، ۱۵ میلیون تومان باقی ماند و نسبت به گذشته تغییری نکرد. پیشنهاد شهرداری تهران درباره قیمت قبور فاز ۳ بهشت‌زهرا که در مقایسه با فاز ۲ قدری دورتر است و شامل قطعات ۳۰۰ تا ۳۲۵ می‌شود نیز به تصویب رسید. بر این اساس تا زمان پر شدن ۷۰ درصد از ظرفیت این قطعه، طبقه زیرین هر قبر رایگان و طبقات فوقانی آن به ازای هر قطعه یک میلیون تومان قیمت‌گذاری شده است.

 پس از آن یعنی زمانی که ۷۰ درصد از ظرفیت این فاز تکمیل شود و تا زمان رسیدن به حد ۸۰ درصد از ظرفیت فاز ۳، قیمت هر قبر ۲ میلیون تومان تعیین شد. همچنین قیمت هر قبر در زمان ظرفیت باقی‌مانده ۸۰ تا ۹۰ درصدی این فاز ۳ میلیون تومان و در زمانی که فقط ۱۰ درصد از ظرفیت این فاز باقی ‌مانده و ۹۰ درصد ظرفیت فاز ۳ نیز تکمیل شده باشد، ۵/ ۴میلیون تومان تعیین شد. در سال‌های اخیر سازمان بهشت زهرا(س) روزانه بین ۱۵۰ تا ۲۰۰ نفر متوفی و سالانه بیش از ۵۰ هزار نفر از متوفیان شهر تهران را پذیرش کرده است که از این تعداد بیش از ۳۵ هزار نفر در بهشت زهرا(س) دفن شده‌اند. همچنین در سال ۱۳۹۶ بیش از ۲۲ هزار نفر از شهروندان تهرانی از قبرهای رایگان در قطعات جاری و در حال دفن بهشت زهرا(س) استفاده کرده‌اند. علاوه بر این نرخ خدمات قابل ارائه سازمان از سال ۹۰ تا به امروز افزایشی نداشته است و تنها نرخ قبور فاز ۲ آخرین بار در سال ۹۵ افزایش یافته بود.