پس از اتمام ثبت‌نام و اعلام پالایش متقاضیان بر اساس شرایط استفاده از طرح متقاضیان واقعی و نهایی به لحاظ شاخص‌هایی همچون تعداد افراد تحت تکفل، سن سرپرست خانوار و مدت زمان ازدواج اولویت‌بندی و انتخاب خواهند شد. همچنین افرادی که در مرحله اول ثبت‌نام کرده و به‌عنوان متقاضی اولیه پیامک احراز شرایط دریافت کرده‌اند، چنانچه در بازه زمانی اعلام شده انصراف خود را در سامانه ثبت کرده‌اند می‌توانند در این مرحله ثبت‌نام کنند. از سوی دیگر، متقاضیانی که نسبت به عدم احراز شرایط آنها در مرحله اول اعتراض کرده بودند چنانچه حائز شرایط تشخیص داده شده باشند نیازی به ثبت‌نام مجدد در این مرحله ندارند. در این مرحله متقاضیان استان تهران می‌توانند برای شهرهای جدید پرند، هشتگرد و ایوانکی نیز ثبت‌نام کنند اما شهر پردیس حذف شده است. همچنین از روز گذشته در استان‌های قم، سمنان، آذربایجان شرقی و جنوب سیستان و بلوچستان نیز ثبت‌نام مسکن ملی آغاز شده است. معاونت مسکن و ساختمان وزارت راه و شهرسازی نیز ضمن اعلام آغاز ثبت‌نام گروه چهارم مرحله دوم طرح اقدام ملی مسکن در استان‌های تهران، آذربایجان شرقی، قم و جنوب سیستان و بلوچستان از فرصت دو‌روزه ثبت‌نام برای این متقاضیان خبر داد.