باقرشهر در جنوب شهرری و در پایین‌دست پالایشگاه نفت تهران قراردارد که به علت کمبود بارش‌ها طی سال‌های گذشته بیشتر آب موردنیاز کشاورزی آن از منابع زیرزمینی تامین می‌شود. برخی پمپ‌های آب در مناطق پایین دست پالایشگاه حالا به جای آب، نفت یا آب آلوده به مواد نفتی را بالا می‌کشد و بعضی کشاورزان با ایجاد حوضچه، نفت را از آب جدا و با آب باقی مانده زمین‌ها را آبیاری می‌کنند. پالایشگاه نفت تهران در شمال باقرشهر قرار دارد و سال ۱۳۴۷ تاسیس شده است. فرسودگی تانکرهای زیرزمینی ذخیره سوخت و نیز لوله‌های انتقال یا زواید تولید شده از پالایشگاه نفت خام سبب بروز آلودگی‌های نفتی شده است. مسیر نهرهایی که آب پمپاژ شده از چاه‌های عمیق را به زمین‌های کشاورزی هدایت می‌کند در اثر عبور آب آلوده به ترکیبات نفتی به رنگ قهوه‌ای تیره و سیاه در آمده و این رنگ در نهرها قابل ردیابی است. غلظت این ترکیبات در نهرها به حدی است که در نگاه اول تصور می‌شود این مواد سوختی است که از چاه استخراج می‌شود؛ ولی با این وجود برخی کشاورزان به علت کمبود آب و نیاز مبرم زمین‌های کشاورزی به آبیاری، همچنان از آب‌های آلوده زیر زمینی برای کشاورزی استفاده می‌کنند.