اما تصویب این طرح در مجلس با حواشی مختلفی همراه بود.  به گزارش «ایسنا» نمایندگان استان‌های آذربایجان غربی و شرقی در مجلس نسبت به قرار گرفتن نام باشگاه تراکتورسازی در لیست تحقیق و تفحص اعتراض کردند. نادر قاضی‌پور نماینده ارومیه در تذکری مستند به بند ۵ ماده ۲۴ آیین‌نامه داخلی مجلس،‌ گفت: «ما این تحقیق و تفحص را امضا کردیم ولی متن آن کلاعوض شده است. تحقیق و تفحص درباره استقلال و پرسپولیس بود اما الان تبدیل شده به تحقیق و تفحص از همه باشگاه‌ها، بدون اینکه هیات رئیسه با ما ۹ نفر مشورتی کند. حتی سرفصل و متن آن هم عوض شده است.‌ ما برای تحقیق و تفحص از عملکرد مالی فدراسیون و دو باشگاه پرسپولیس و استقلال اقدام کردیم. سال‌های قبل دولت به این باشگاه‌ها پول می‌داد درحالی‌که تراکتورسازی تک ریالی هم دریافت نکرده است، اما این دو باشگاه‌ میلیاردی پول گرفتند. بنابراین باید در عنوان تحقیق و تفحص نام استقلال و پرسپولیس قید شود.»

در همین حال علی لاریجانی، رئیس مجلس در پاسخ به این تذکر گفت: «این تحقیق و تفحص شامل آن دو باشگاه هم می‌شود و در مشروح مذاکرات هم قید خواهد شد.» تقی کبیری، نماینده مردم خوی(استان آذربایجان غربی) نیز در اخطاری مستند به بند ۹ اصل سوم قانون اساسی در مورد رفع تبعیضات ناروا و ایجاد امکانات عادلانه برای همه، گفت: «این تحقیق و تفحص بر مدیریت باشگاه‌های استقلال و پرسپولیس تمرکز دارد. ما باشگاه‌های دیگری داریم که کمترین امکانات به آنها داده می‌شود مثل باشگاه تراکتور اما در دستور جلسه اسم دو این باشگاه مطرح نشد درحالی‌که تحقیق و تفحص با تمرکز بر این دو باشگاه باید انجام شود.» علی لاریجانی مجددا این اخطار را وارد ندانست و گفت که تحقیق و تفحص شامل دو باشگاه استقلال و پرسپولیس نیز خواهد شد.