ازسوی‌‌‌دیگر، پادشاه صفوی که همیشه منتظر فرصت بود تا پرتغالی‌ها را از خلیج‌‌‌فارس و جزایر و سواحل آن اخراج کند، برای این منظور ناچار با یکی از دولت‌های اروپایی برخوردار از نیروی دریایی قدرتمند متحد شد. با ورود کشتی‌های کمپانی هند شرقی به خلیج‌‌‌فارس به‌‌‌نظر می‌‌‌رسید فرصتی که شاه‌‌‌عباس در جست‌وجوی آن بود، فراهم شده است. سرانجام در سال ۱۶۰۲م شاه‌‌‌عباس توانست پرتغالی‌‌‌ها را از بحرین اخراج کند. بندر گمبرون نیز با تلاش سپاهیان ایران به فرماندهی امام‌‌‌قلی تسخیر شد و پرتغالی‌‌‌ها از آنجا رانده شدند و قلعه‌‌‌های نظامی آنها با خاک یکسان شد. شاه‌‌‌عباس همچنین موفق شد در سال ۱۶۲۰م راس‌‌‌الخیمه را تصرف کند.

با شکست نیروی دریایی پرتغال در جنگ دریایی ۱۶۲۵م از نیروی انگلیس و سپس اخراج آنها از عمان و مسقط در ۱۶۶۰م، به ۱۵۰سال تفوق پرتغالی‌‌‌ها در خلیج‌‌‌فارس برای همیشه خاتمه داده شد. علاوه‌‌‌براین، در اواخر دوره صفوی هلندی‌‌‌ها نیز به‌‌‌تدریج موقعیت خود را در خلیج‌‌‌فارس به نفع انگلیسی‌‌‌ها از دست دادند و انگلیسی‌‌‌ها به بهانه سرکوبی دزدان دریایی سلطه خود بر خلیج‌فارس را برقرار کردند. جالب ‌‌‌آنکه حضور دزدان دریایی عرب در صحنه سیاسی خلیج‌‌‌فارس از اواخر دوره صفویه شروع می‌شود و تا سال‌ها ادامه می‌‌‌یابد. تحرکات این دزدان دریایی تاثیرات متعددی بر معادلات سیاسی خلیج‌‌‌فارس و جزایر آن بر جای گذاشت.

در کل می‌‌‌توان گفت، در تمام دوران سلسله صفوی، جز ۱۵۰‌‌‌سال نخست آن ‌‌‌که سواحل و جزایر خلیج‌‌‌فارس در اشغال نیروی دریایی پرتغال بود، تمامی جزایر منطقه، از جمله جزایر سه‌‌‌گانه خراج‌‌‌گزار دولت ایران به شمار می‌‌‌رفتند. در پی سقوط سلسله‌صفویه به دست افغان‌‌‌ها و هرج‌‌‌ومرج ناشی از آن، دزدان دریایی برای مدتی فرصت یافتند که به تصرف برخی جزایر اقدام کنند. حکومت‌های محلی عرب در بخش جنوبی خلیج‌‌‌فارس نیز توانستند تاحدودی از زیر نفوذ حاکمیت ایران خارج شوند. اما سرانجام نادر در صحنه سیاسی کشور ظاهر شد و توانست ضمن سرکوب افغان‌ها، تاج و تخت را نصیب خود کند. وی در یکی از اقدامات مهم خود دستور تشکیل نیروی دریایی را داد و نهایتا با ایجاد ناوگان دریایی قدرتمند، بحرین و عمان را به تصرف درآورد و نقش ارزنده‌‌‌ای در انتظام خلیج‌‌‌فارس ایفا کرد. عده‌‌‌ای وجه تسمیه راس‌‌‌الخیمه را وجود خیمه‌‌‌هایی می‌‌‌دانند که لشکریان نادرشاه در این منطقه زده بودند تا بتوانند آمدوشد کشتی‌‌‌ها را در تنگه هرمز کنترل کنند. در زمان نادر مجموعا چهار حمله نظامی به‌منظور تصرف کرانه‌‌‌های جنوبی و جزایر خلیج‌‌‌فارس انجام شد.