اواخر مرداد ۱۳۵۹ ایران روابط دیپلماتیک خود را با شیلی در اعتراض به ادامه سیاست اختناق و سرکوب مردم از سوی حکومت شیلی - به رهبری ژنرال آگوستینو پینوشه- قطع کرد. سالوادور آلنده در سال ۱۹۷۰ و در پی رقابت انتخاباتی نزدیک و نفسگیری رئیس‌جمهور شیلی شد. دولت وی بلافاصله پس از تشکیل به سراغ اجرای برنامه اصلاحات بلندپروازانه‌ رفت؛ برنامه‌ای شامل مصادره املاک زمین‌داران بزرگ، ملی کردن بانک‌ها، شرکت‌های بیمه و چندین تشکیلات بزرگ صنعتی. هدف اصلی این اصلاحات هم توزیع مجدد ثروت‌های ملی به نفع فقرا و مستمندان جامعه آن زمان شیلی بود. ایالات متحده‌آمریکا هم چندان دل خوشی از این وضع نداشت و از این نگران بود که سانتیاگو بیشتر و بیشتر به هاوانا و مسکو نزدیک شود.سرانجام در یازدهم سپتامبر سال ۱۹۷۳، درست در بحبوحه یک بحران اقتصادی، اجتماعی و سیاسی، ژنرال آگوستینو پینوشه با کودتایی نظامی دولت سالوادور آلنده را سرنگون کرد. در پی این کودتا دوره‌ای از خشونت، ترس و خفقان در شیلی آغاز شد. تنها در سه ماه نخست دیکتاتوری پینوشه، ۱۲۰۰ نفر کشته یا ناپدید شدند که همه آنها را به نیروهای پینوشه نسبت می‌دهند. در این دوره هرگونه اعتراض عمومی ممنوع بود. مجلس شیلی منحل شد و سانسور شدیدی بر تمام رسانه‌های شیلی اعمال می‌شد. پینوشه تا سال ۱۹۹۰ بر مسند قدرت باقی ماند و بعد قدرت را به پاتریسیو آیلوین رئیس‌جمهوری که در انتخابات عمومی سال ۱۹۸۹ انتخاب شده بود، سپرد. در پی پایان حکومت دیکتاتوری نظامی پینوشه، دولت جمهوری اسلامی ایران در روز ۳۰ فروردین ۱۳۷۱ طی مصوبه‌ای اجازه برقراری روابط سیاسی با دولت شیلی را صادر کرد.