مزیت‌های حمل و نقل ریلی در بخش ملی شامل کاهش مصرف سوخت، کاهش آلودگی‌های زیست محیطی، کاهش حوادث جاده‌ای و کاهش اتلاف وقت افراد در شریان‌های جاده‌ای است. به دلیل این مزیت‌ها، قانون‌گذار قوانینی را به تصویب رسانده که برای حمل و نقل ریلی در برابر حمل و نقل جاده‌ای، مزیت ایجاد کند. در دهه ۸۰ بعد از تصویب قانون مالیات ارزش افزوده توسط مجلس، حمل و نقل ریلی معاف از این مالیات قرار داده شد. اما مصرف‌کننده نهایی حمل و نقل جاده‌ای مشمول پرداخت مالیات بر ارزش بود. اما با تغییراتی که در دهه ۹۰ رخ داد، حمل و نقل جاده‌ای نیز معاف از مالیات ارزش افزوده شد و شرایط هر دو شیوه حمل یکسان شد.

اگر بخش خصوصی یا غیر‌دولتی در صنعت ریلی سرمایه‌گذاری کند (شامل خرید لکوموتیو، واگن باری و مسافری) طبق بند (ب) ماده ۵۲ قانون برنامه ششم توسعه، به میزان دو برابر آورده نقدی وی معاف از مالیات است. متاسفانه این معافیت در پیش‌نویس برنامه هفتم توسعه حذف شده است. بخش خصوصی در صنعت حمل و نقل ریلی سرمایه‌گذاری کرده در نهایت مجبور است، مالیات ارزش افزوده را به فروشنده ناوگان ریلی (اعم از لکوموتیو، واگن باری و مسافری) پرداخت کند. اما در بار خدماتی که به صاحب بار ارائه می‌کند به دلیل معافیتی که در قانون دیده شده، نمی‌تواند مالیات ارزش افزوده را از صاحب بار یا مسافر دریافت کند. مالک لکوموتیو، واگن باری و مسافری برای خرید قطعات و اخذ خدمات فنی (استفاده از شبکه ریلی و نیروی کشش) از راه‌آهن مجبور است، مالیات ارزش افزوده را پرداخت کند. در نتیجه عملکرد شرکت‌های بهره‌بردار ریلی به میزان ۹ درصد منفی می‌شود.

در قانون مالیات ارزش افزوده که قبل از اسفند ۱۴۰۰ بود، در هزینه‌های شرکت‌های ریلی، موضوع مالیات ارزش افزوده مشمول تهاتر یا استرداد بود. یعنی زمانی که شرکت‌های ریلی مالیات ارزش افزوده را بابت خرید خدمات و قطعات پرداخت می‌کردند، مجددا مبلغ این مالیات پرداخت‌شده را از سازمان امور مالیاتی پس می‌گرفتند. با قانون فعلی مبلغ ۹ درصد مالیات را سازمان امور مالیاتی نه استرداد می‌کند و نه در عملکرد شرکت‌ها آن را تهاتر می‌کند. به عبارتی مزیت سرمایه‌گذاری بخش خصوصی در صنعت ریلی به میزان ۹ درصد از بین رفته است.

ماده ۱۲ قانون رفع موانع تولید

یکی از پیشگامان توسعه اقتصادی در کشور صنعت حمل و نقل ریلی است که برای حمل مواد اولیه، محصول نهایی تولیدی برای مصرف یا صادرات در صنایع کشور، نقش اساسی را ایفا می‌کند. اگر قیمت تمام‌شده خدمات حمل و نقل ریلی فعال برای سرمایه‌گذار و مصرف‌کننده جذابیت داشته باشد می‌تواند فعال باشد و خدمات به موقع ارائه کند. به  دلیل گستردگی موجود در کشور در سال نزدیک به ۶۰۰ میلیون تن بار شناسنامه‌دار جابه‌جا می‌شود که این میزان حدود ۳ درصد در سال رشد داشته است. این میزان بار به طور متوسط در مبادی و مقاصد به مسافت ۷۰۰ کیلومتر در کشور جا‌به‌جا شده که ۴۲۰۰ میلیارد تن-کیلومتر است. ضمن اینکه میزان مصرف سوخت در بخش ریلی حدود یک‌هفتم بخش جاده‌ای است. قیمت تمام‌شده سوخت برای دولت برای هر لیتر حدود نیم دلار است. این در صورتی است که تنها ۱۰ درصد این میزان بار توسط بخش ریلی و ۹۰ درصد آن توسط بخش جاده‌ای جا‌به‌جا می‌شود. در نتیجه عدد بزرگی بابت پرداخت یارانه گازوئیل به بخش حمل و نقل جاده‌ای پرداخت می‌شود. اگر دولت به شکلی برنامه‌ریزی کند که گلوگاه‌ها و موانع توسعه حمل و نقل ریلی را برطرف کند به میزان قابل ملاحظه‌ای در مصرف سوخت صرفه‌جویی خواهد شد. با توجه به اینکه بخشی از نقاط حادثه‌خیز در کشور اصلاح شده و ایمنی بخشی از خودروها ارتقا یافته، اما باز هم آمار تصادفات جاده‌ای از مرگ یک نفر در هر ۱۷ دقیقه در تصادفات جاده‌ای و در هر ۲۴ ساعت حدود ۷۰ نفر حکایت دارد. طبق آخرین نتایج اعلام‌شده از سوی پلیس راه کشور و وزارت راه و شهرسازی، بیش از ۴۰ درصد علت حوادث جاده‌ای، حمل بار بیش از اندازه از طریق جاده است. در کشورهای همجوار مانند ترکیه، امارات و حتی کشورهای کمتر توسعه‌یافته میزان حمل بار توسط بخش جاده‌ای به ۹۰‌درصد نمی‌رسد. در کشورهای توسعه‌یافته تنها ۲۰ درصد بار توسط بخش جاده‌ای حمل می‌شود.

لازم است دولت موانع موجود بخش حمل و نقل ریلی را برطرف و توسعه آن را تسهیل کند به گونه‌ای که برای بخش خصوصی جذابیت ایجاد شود. در قانون هم آورده شده که بخش خصوصی زمانی که واگن مسافری، لکوموتیو یا واگن باری خریداری می‌کند باید هزینه‌های مالی و ارزش افزوده آن به سرمایه‌گذاری اضافه شده و زمان پرداخت آن تسهیلات ماده ۱۲ کوتاه‌تر شود. مثلا بخش خصوصی اگر یک واگن  در سال ۱۳۹۷ به قیمت ۲۰۰ میلیون تومان خریداری کرده  امروز با تورم موجود با ۱۰ برابر آن مبلغ می‌تواند یک واگن خریداری کند، اما سازمان بهینه‌سازی مصرف سوخت از آن زمان تاکنون مبلغی بابت تسهیلات ناشی از صرفه‌جویی در مصرف سوخت پرداخت نکرده است. با این وضعیت توسعه سرمایه‌گذاری از بین می‌رود.  

برای افزایش سهم حمل و نقل ریلی در جا‌به‌جایی بار و مسافر باید شبکه ریلی کشور و همچنین ناوگان ریلی توسعه پیدا کند. شبکه ریلی در اختیار دولت بوده و دولت باید در توسعه آن سرمایه‌گذاری کند. بخش ناوگان  ریلی در اختیار بخش خصوصی است و برای سرمایه‌گذاری بیشتر باید برای آن جذابیت ایجاد کرد. در حال حاضر سرمایه‌گذاری در بخش ناوگان ریلی اقتصادی نبوده و دوره بازگشت سرمایه آن با توجه به شرایط موجود بیش از ۱۲ سال است. اگر ماده ۱۲ قانون رفع موانع تولید به صورت کامل و به موقع اجرا شود، می‌تواند دوره بازگشت سرمایه‌گذاری را به کمتر از ۵ سال ارتقا دهد. در حال حاضر سهم بخش ریلی از جا‌به‌جایی بار و مسافر حدود ۱۱ درصد بوده و طبق افق برنامه ۱۴۰۴ باید به ۳۰ درصد برسد. از مزایای حمل و نقل ریلی می‌توان به مصرف سوخت کمتر (معادل یک‌هفتم بخش جاده‌ای) و ایمنی بالاتر در مقایسه با حوادث جاده‌ای اشاره کرد. مهم‌ترین مانع و چالش اجرای ماده ۱۲ قانون رفع موانع تولید، مشکل بوروکراسی است. اگر بوروکراسی موجود به نحوی مدیریت شود که سرمایه‌گذاری بخش خصوصی در کوتاه‌ترین زمان بازگشت داده شود، باعث توسعه حمل و نقل ریلی و افزایش سهم حمل بار و مسافر توسط بخش ریلی می‌شود.