با وجود آنکه طرح برجام از گردنه صعب‌العبور مجلس عبور کرد، اما انتقاد مخالفان دولت نسبت به عملکرد لاریجانی در تصویب برجام، رئیس مجلس را مجبور کرد پاسخ منتقدان را بدهد. وی تاکید کرد که طرح برجام در کلان کشورهماهنگ شده بود و او در این پرونده دخالتی نداشته است. لاریجانی حتی گفت که این پرونده من نیست، بلکه پرونده مقام معظم رهبری است. در روز تصویب برجام در مجلس که مخالفان حدود 200 طرح اصلاحی به مجلس آورده بودند جزئیات طرح در20 دقیقه به تصویب رسید.