ماجرای تغییرات اساسی در مدیریت دانشگاه آزاد که چندی پیش با برکناری میرزاده از ریاست این دانشگاه کلید خورده بود با نامه سیدحسن خمینی به رئیس‌جمهور وارد فاز تازه‌ای شد. یادگارامام در نامه به روحانی نوشت که عزل رئیس دانشگاه آزاد وجاهت قانونی نداشته است. اوایل این هفته هم قرعه تغییر درهسته مرکزی دانشگاه آزاد و هیات امنای آن به نام یاسرهاشمی افتاد و او از ریاست دفتر دانشگاه برکنار شد. پس از رحلت آیت الله هاشمی رفسنجانی، علی اکبر ولایتی جانشین وی در هیات موسس دانشگاه آزاد گردید.