در پی ارتحال عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت‌الله مهدوی‌کنی رضوان‌الله علیه، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی، با اشاره به نقش‌آفرینی شجاعانه این یار صادق و وفادار امام بزرگوار در همه عرصه‌های مهم کشور، تاکید کردند: این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و همه وزن وزین خود را در همه حوادث این سال‌ها در کفه حق و حقیقت نهاد. به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام تسلیت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح است: بسم الله الرحمن الرحیم

با تاسف و تاثر اطلاع یافتیم که عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمدرضا مهدوی‌کنی رضوان الله علیه دار فانی را وداع گفته و دوستان و ارادتمندان خود را داغدار کرده است. این عالم بزرگوار از جمله نخستین مبارزان راه دشوار انقلاب و از چهره‌های اثرگذار و یاران صمیمی نظام جمهوری اسلامی و از وفاداران غیور و صادق امام بزرگوار بود و در همه عرصه‌های مهم کشور در دوران انقلاب شجاعانه و با صراحت تمام نقش‌آفرینی کرد. از عضویت در شورای انقلاب و سپس تشکیل کمیته‌های انقلاب در آغاز تاسیس نظام اسلامی تا تصدی وزارت کشور و سپس قبول نخست‌وزیری در یکی از سخت‌ترین دوران‌های جمهوری اسلامی و تا ورود در عرصه تولید علم و تربیت جوانان صالح و تاسیس دانشگاه امام صادق(ع) و تا امامت جمعه تهران و سرانجام ریاست مجلس خبرگان، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه‌های جناحی و قبیله‌ای را به حیطه فعالیت‌های گسترده و اثرگذار خود راه نداد. این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه وزن وزین خود را در همه حوادث این دهها سال در کفه حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد. اینجانب به خاندان گرامی و برادر عالیقدر ایشان، و به مردم ایران و روحانیت عظیم‌الشان و همه ارادتمندان و شاگردان و دست‌پروردگان آن مرحوم صمیمانه تسلیت می‌گویم و علو درجات وی را از خداوند متعال مسالت می‌نمایم.

سید علی خامنه‌ای - ۲۹ مهر ۱۳۹۳