سرانجام 6 سال پس سکانداری دانشگاه تهران توسط فرهاد رهبر، وی با حکم وزیر علوم از کار برکنار شد و امید معاون وزیر علوم به صورت موقت جایش را گرفت. پیشتر در28 اسفند 91 احمدی‌نژاد هم خواستار برکناری فرهاد رهبر از دانشگاه تهران به‌دلیل رویکرد سیاست‌زده، غیرعلمی و امنیتی وی شده بود که البته این اتفاق هرگز نیفتاد. هرچند موافقان تغییر رهبر را انتظاری دانستند که باید پیش از این پاسخ داده می‌شد، اما حداد عادل برکناری فرهاد رهبر را افراطی دانست که به افراط دیگری منتهی خواهد شد.