۶ سال پس از ادغام برخی از وزارتخانه‌ها در دولت احمدی‌نژاد که با هدف کوچک‌سازی دولت و مقابله با موازی‌کاری انجام گرفت، حالا دولت روحانی تصمیم گرفته است تا با تفکیک این وزارتخانه‌ها از یکدیگر، کابینه دولت دوازدهم را براساس ساختار جدید تشکیل دهد. اگرچه در اولین واکنش به تفکیک وزارتخانه‌ها، مجلسی‌ها با بررسی دوفوریتی لایحه دولت برای تفکیک سه وزارتخانه ادغام شده مخالفت کردند، اما با ارجاع آن به کمیسیونی مشترک لایحه دولت را در نوبت بررسی قراردادند. این لایحه در صورت گرفتن رای موافق در مجلس و تایید شورای نگهبان، سه وزارتخانه راه و شهرسازی، صنعت، معدن و تجارت و ورزش و جوانان را به ۵ وزارتخانه راه و ترابری، مسکن و شهرسازی، صنعت و معدن، بازرگانی و ورزش و یک سازمان ملی جوانان تغییر خواهد داد.

به عقیده موافقان، بعد از ادغام وزارتخانه‌ها انتظار می‌رفت که کارآیی، بهره‌وری و چابکی دولت افزایش یابد، اما عملا این اتفاق نیفتاده و این ادغام‌ها نه‌تنها باعث کوچک‌سازی دولت و کاهش تصدی آن نشد، بلکه پیچیدگی‌های تازه‌ای را نیز با خود به همراه داشت. تا جایی‌که برخی حوزه‌هایی که ادغام شدند هیچ‌گونه سنخیتی با یکدیگر نداشته‌اند و در برخی موارد یکی از دو بخش ادغام شده قربانی دیگری شده است. اما مخالفان، افزایش هزینه‌های جاری دولت و عجولانه دانستن این تفکیک را دلیل مخالفت خود عنوان می‌کنند. دولت در متن توجیهی لایحه دوفوریتی اصلاح ساختار دولت، هدف از تفکیک وزارتخانه‌ها را افزایش اشتغال و رونق اقتصادی عنوان کرده است و در کنار ارائه لایحه تفکیک وزارتخانه‌ها به مجلس، رایزنی‌هایی را برای معرفی وزرای جدید با ساختار تفکیک شده آغاز کرده تا چنانچه بهارستان‌نشینان موافقت کردند، دولت دوازدهم با نظر مجلس برای وزارتخانه‌های جدید وزیر معرفی کند.