همچنین پرونده‌‌‌‌‌‌‌‌ای که بعدها در مورد خاموشی مطرح شد و بحث پتروشیمی‌ها در آن مطرح شد، سایه‌‌‌‌‌‌‌‌ای سنگین بر اخبار مربوط به اتاق بازرگانی انداخت اما به دلیل آنکه رای مستندی در این‌باره مطرح نشد، نمی‌توان به ابعاد آن ماجرا پرداخت. مهم‌ترین اتفاقی که به دوران «خاموشی رفت» مربوط می‌شود برآمدن گروهی با نام «تحول خواهان» بود که نسخه اقتصادی تسلط اصلاح‌‌‌‌‌‌‌‌طلبی بر فضای کشور بودند. این گروه به ریاست محمدرضا بهزادیان نخست کنترل اتاق تهران را برعهده گرفتند. هرچند در دوران محمود احمدی‌‌‌‌‌‌‌‌نژاد ریاست او پایان یافت و او به شکل سیاسی از گردونه حذف شد اما تاثیرات او باقی‌ماند تا با به ریاست رسیدن محمد نهاوندیان دوران تسلط هیات موتلفه بر اتاق بازرگانی برای همیشه خاتمه یابد.

بهزادیان که با گروه تحول‌‌‌‌‌‌‌‌خواهان در انتخابات پنجمین دوره اتاق‌های بازرگانی در اسفندماه ۸۱ ثبت‌نام کرده‌بود، توانست در هیات‌‌‌‌‌‌‌‌رئیسه اتاق تهران جای بگیرد و بر صندلی ریاست اتاق تهران تکیه بزند. بهزادیان بلافاصله پس از ریاست در اتاق تهران با کمک هیات‌رئیسه، اتاق تهران را از اتاق ایران جدا کرد. با این کار منابع مالی در اختیار اتاق ایران که قسمت اعظمش از طریق امور جاری اتاق تهران تامین می‌‌‌‌‌‌‌‌شد، محدود شد. جدا‌شدن حساب‌های مالی و جریان فکری اتاق تهران و ایران باعث بروز اختلافات جدی بین این دو اتاق شد.با روی کار آمدن دولت محمود احمدی‌‌‌‌‌‌‌‌نژد در سال‌۱۳۸۴، بهزادیان از ریاست اتاق بازرگانی استیضاح شد و جای خود را به محمد نهاوندیان داد. حتی کارت بازرگانی بهزادیان برای ۸سال‌تعلیق شد. او در مصاحبه‌‌‌‌‌‌‌‌ای که بعد از بازپس‌‌‌‌‌‌‌‌گیری کارت بازرگانی خود انجام داد، مواردی را روشن کرد.

او در گفت‌وگو با خبر‌‌گزاری «ایلنا» در سال‌۹۱ در پاسخ به این سوال که دلیل اخراج وی از اتاق بازرگانی چه بوده‌است، گفت: استیضاح امری خوب است اما برای استیضاح ۴۰ امضا احتیاج بود ولی اتاق بازرگانی هیچ‌گاه نام ۴۰ امضا را اعلام نکرد، چراکه این تعداد رای نداشتند ولی با تبانی با دولت این کار را انجام دادند. او تصریح کرد: اخراج وی به شکایت دبیرکل اتاق بازرگانی تهران و هیات‌رئیسه اتاق تهران بود و شکایت آنها این بود؛ چرا اتاق بازرگانی تهران هیات‌‌‌‌‌‌‌‌هایی را برای تجارت به سایر کشورها اعزام می‌کرده و اینکه بهزادیان به اعضای جلسه روسای اتاق بازرگانی توهین کرده‌است. به گفته بهزادیان بعد از شکایت او درباره ابطال کارت بازرگانی خود قرار شد شورای‌عالی نظارت به موضوع رسیدگی کند ولی این شورا از اوایل دولت نهم تا اواخر دولت دهم حاضر به تشکیل هیچ جلسه‌‌‌‌‌‌‌‌ای نشد تا شکایت او رسیدگی نشود و این در حالی است که قانونا این جلسه باید دوبار در سال ‌برگزار شود. او افزود با رای دادگاه بالاخره این جلسه تشکیل شد و در بهمن ۹۱ حکم بر صدور کارت داده شد. رئیس اسبق اتاق بازرگانی تاکید کرد: بر اساس حکم باید یک ماه بعد کارت وی صادر می‌شد اما به دلیل خودداری رئیس وقت اتاق بازرگانی ایران این کارت مدت زیادی صادر نشد و بالاخره رئیس بعدی یعنی غلامحسین شافعی دستور به صدور این کارت داد که باید از این کار وی تشکر کرد، اما داستان بهزادیان و سرنوشت تحول خواهان داستانی پر پیچ و خم و ادامه‌دار تا همین امروز است.