قطارهای حومه‌ای زمانی معنا پیدا می‌کنند که در ایستگاه‌های راه‌آهن بتوانند با قطارهای شهری و بلند برد تبادل مسافر کنند. در طراحی‌های جدیدی که در برنامه شرکت راه‌آهن وجود دارد قرار است تغییرات اساسی در ایستگاه‌های موجود انجام شود به‌طوری‌که در این ایستگاه‌ها بتوان به شیوه‌های مدرن امروزی به مسافران خدمات ارائه کرد. براساس طرح‌ها و برنامه‌های شرکت راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران توجه به توسعه قطارهای حومه‌ای در چند بُعد دنبال می‌شود که اختصاص خطوط جداگانه برای مسیرهای حومه‌ای یکی از اولویت‌ها و بازطراحی ایستگاه‌های راه‌آهن برای عبور و تلاقی سه مود حمل‌ونقل ریلی مترو، قطار حومه‌ای و راه‌آهن بلند برد است.

بر این اساس، سعید محمدزاده، معاون فنی و زیربنایی راه‌آهن در برنامه مستند تلویزیونی «راه‌آهن محور توسعه»، گفت: در حال حاضر اقدامات مهمی برای توسعه سیر برای قطارهای حومه‌ای در حال پیگیری است که اختصاص احداث دو خط مجزا برای مسیر حومه‌ای تهران-گرمسار در حریم خط راه‌آهن فعلی موجود یکی از این اقدامات است. طبق وعده پیشین این مقام مسوول شرکت راه‌آهن این خط ریلی حومه‌ای در شهریور ۹۵ آماده بهره‌برداری می‌شود.وی ۴ خطه کردن مسیر تهران-کرج را یکی دیگر از اقدامات برای توسعه سیر قطارهای حومه‌ای در غرب و جنوب غربی استان تهران برشمرد و افزود: برای مسیر تهران-قم نیز در نظر داریم با اجرای مجموعه‌ای از پروژه‌ها افزایش ظرفیت و ارتقای سرعت سیر دهیم.اما این قطارهای حومه‌ای زمانی معنا پیدا می‌کنند که در ایستگاه‌های راه‌آهن بتوانند با قطارهای شهری و بلند برد تبادل مسافر کنند. در طراحی‌های جدیدی که در برنامه شرکت راه‌آهن وجود دارد قرار است تغییرات اساسی در ایستگاه‌های موجود انجام شود به‌طوری‌که در این ایستگاه‌ها بتوان به شیوه‌های مدرن امروزی به مسافران خدمات ارائه کرد. براساس این طرح جدید که کار مطالعاتی آن را شرکت ارپ فرانسه انجام می‌دهد قرار است ایستگاه قطارهای حومه‌ای، مترو و راه‌آهن‌های سریع و بلندبرد در یک محیط ایستگاهی تعریف شوند. از سوی دیگر قرار است با تاکید وزیر راه و شهرسازی با احداث زیرگذر مناسب سکوی ایستگاه راه‌آهن تهران به سکوی ایستگاه خط سه مترو متصل شوند تا نیازی نباشد مسافران برای تردد جابه‌جایی از مترو به ایستگاه راه‌آهن به سطح خیابان بیایند. چنانچه این اقدام عملیاتی شود قطعا در میزان استقبال مردم از قطارهای حومه‌ای نیز تاثیر خواهد گذاشت. یکی دیگر از برنامه‌های شرکت راه‌آهن در ساماندهی ایستگاه راه‌آهن تهران بازسازی بافت پیرامونی این ایستگاه است که از این طریق می‌تواند خدمات‌رسانی بهتری را به مسافران و محیط پیرامونی خود به دنبال داشته باشد.

بازتعریف ایستگاه‌های ورامین، کرج، هشتگرد، اسلامشهر، مشهد و قم نیز برای توسعه قطارهای حومه‌ای ضروری است تا فضاهای جدید همچون پارکینگ برای نیاز مسافران در این طراحی‌های جدید در نظر گرفته شود. احمد خدایی قائم‌مقام شرکت راه‌آهن نیز با اشاره به استانداردهای روز دنیا، یکی از اصلی‌ترین مشخصات ایستگاه‌های قطارهای حومه‌ای را باز بودن فضای ایستگاهی عنوان کرد و گفت: در طراحی‌های جدید هیچ مرزی برای قطارهای حومه‌ای وجود ندارد اما در ایران به‌دلیل اینکه به صورت ویژه به قطارهای حومه‌ای دیده نشده است هنوز هم نگاه، نگاه قبلی است که مردم از یک ورودی خاص با یک جهت خاص وارد ایستگاه‌های راه‌آهن شوند. وی ادامه داد: البته این ایده در ایستگاه شهر قدس در نزدیکی تهران که با حضور وزیر راه و شهرسازی به بهره‌برداری رسید و یکی از ایستگاه‌های صرفا حومه‌ای است، پیاده شده تا مسافر قطار حومه‌ای به‌راحتی بتواند از قطار عبوری استفاده کنند. خدایی اضافه کرد: مسافر قطار حومه‌ای نمی‌تواند درگیر بوروکراسی‌های چک بلیت مانند قطارهای بین شهری شود، چرا که زمان زیادی از وی گرفته می‌شود و مدت زمان سیر یک قطار که بین ۴۰ دقیقه تا یک ساعت و نیم است این فرآیند زمان فراوانی از او می‌گیرد. به همین دلیل است که در حال حاضر هزینه سفر پس از ورود مسافر به قطار به‌صورت نقدی از او اخذ می‌شود تا مسافر بتواند خیلی سریع وارد سکو و واگن شود.