این عمل به دست پروفسور سرجیو آلفیری، رئیس بخش جراحی دستگاه گوارش انجام شد. پاپ در ۲۱سالگی به چسبندگی ریه دچار شد و پزشکان مجبور شدند لوب فوقانی ریه او را درآورند. او ظهر یکشنبه در برابر مومنانی که در میدان معروف سن‌پیترو واتیکان زیر آفتاب گرد هم آمده بودند، در قاب پنجره ظاهر شد و مراسم ویژه نیایش را به جا آورد. او در این مراسم ظاهر سالمی داشت و به‌نظر می‌رسید در شرایط خوبی قرار دارد.با این حال، بی‌بی‌سی در گزارش دیروز خود به نقل از واتیکان نوشت: «عمل جراحی روده پاپ به‌خوبی انجام شده و حالش خوب است.» این اولین بار است که پاپ فرانسیس از زمان انتخابش در سال۲۰۱۳ در بیمارستان بستری می‌شود. پاپ فرانسیس ۸۴سال دارد و سرجیو ماتارلا رئیس‌جمهور ایتالیا برای او آرزوی شفای عاجل کرد. الیزابتا پووولدو و نجیسون هوروویتز هم در گزارش ۵جولای خود در نیویورک‌تایمز نوشتند، واتیکان اعلام کرد که پاپ پاسخ خوبی به عمل مذکور داده است. این گزارشگران نوشتند که این اولین چالش مهم درمانی برای این مقام در هشت‌سال گذشته بود که موجب تغییر مسیر و اولویت‌های کلیسای کاتولیک رم شده بود. ماتئو برونی، سخنگوی واتیکان گفت: ۱۰پزشک علاوه‌بر پزشک جراح و پزشک شخصی پاپ دکتر «روبرتو برنابی» هم در این عمل حضور داشتند. این سخنگو البته سخنی از این به میان نیاورد که رهبر کاتولیک‌ها چه مدت باید بستری باشد، اما گمانه‌زنی رسانه‌های ایتالیایی این است که وی چند روز بستری خواهد بود. به نوشته گزارشگران نیویورک‌تایمز، بستری‌شدن پاپ زمانی انجام شد که تنش‌ها در کلیسا رو به فزونی است. واتیکان برخی مقام‌ها را به جرائم مالی متهم کرد، اسقف‌های آمریکایی در ماه گذشته درخواست رم برای به تعویق انداختن اسناد سیاسی در مورد مراسم عشای ربانی را نادیده گرفتند. همچنین برخی در واتیکان و حلقه یاران پاپ نسبت به مواضع نرم او در مورد همجنس‌گرایان دچار پریشانی شده‌اند. فرانسیس که واتیکان را حول کاریزمای شخصی خود ساخته و خواستار احیای کلیسا و دمیدن روح تازه در آن شده، قدرت را در دست خود حفظ کرده است. همچنین برخلاف اسلافش وی در تابستان به منطقه‌ای خنک‌تر در Castel Gandolfo نمی‌رود. او به‌طور معمول برنامه خود را در ماه ژوئیه کم می‌کند. سه روز پیش برونی اعلام کرد که مراسم عمومی هفتگی که روزهای چهارشنبه برگزار می‌شود برای ماه ژوئیه به حالت تعلیق درمی‌آید و از ۴اوت دوباره آغاز می‌شود. وی گفت که مراسم عبادی آنجلوس در روز یکشنبه در تمام تابستان ادامه خواهد داشت. فرانسیس در اظهارات روز یکشنبه و قبل از بستری‌شدن خود هیچ اشاره‌ای به عمل جراحی نکرد و واتیکان جزئیات کمی از وضعیت وی ارائه داد. اما فرانسیس در مراسم عبادی هفتگی خود در ۲۷ژوئن گفت: «به روشی خاص دعا کنید: پاپ به دعای شما احتیاج دارد.»

بیش از ۶۰سال پیش، به‌دلیل عوارض سل، لوب فوقانی ریه وی برداشته شد. در سال‌های اخیر هم تنفس وی هنگام سخنرانی‌ها اندکی سخت به‌نظر می‌رسید. اما فرانسیس در سفرهای خارجی خود، به‌ویژه سفر ماه مارس به عراق، برنامه اغلب طاقت‌فرسایی را از سر گذرانده بود. با این حال، به‌نظر می‌رسد او دچار سیاتیک هم شده باشد؛ چراکه هنگام راه رفتن در ناحیه پا و کمر احساس درد زیادی می‌کرد که همین باعث شد برخی دیدارها و نشست‌ها را از دست بدهد. فرانسیس در مجموعه اتاق‌هایی در طبقه۱۰ یکی از بخش‌های بیمارستان بستری شد؛ همان اتاق‌هایی که پاپ ژان پل دوم در طول مدت اقامت در بیمارستان اشغال کرده بود. ژان پل به‌عنوان بیمار اغلب به آن بیمارستان می‌رفت و به شوخی شایع شده بود که این بیمارستان «واتیکان سوم» است؛ چون پاپ وقت و بی‌وقت به آنجا می‌رود.