با استعفای پاپ بندیکت، حدود یک دهه دو پاپ در واتیکان زندگی می‌کردند. پاپ فرانسیس، جانشین او گفته است که در این مدت به‌طور مرتب با هم دیدار داشتند. در دوران پاپ بندیکت شانزدهم، کلیسای کاتولیک با رسوایی سوء‌استفاده جنسی کودکان توسط کشیش‌ها مواجه شد. سال گذشته هم اذعان کرد که در زمان اسقفی اعظم مونیخ در رسیدگی به پرونده‌های سوء‌استفاده جنسی اشتباهاتی صورت گرفته است. در نامه‌ای که واتیکان منتشر کرد، پاپ سابق برای هرگونه «قصور وخیم» درخواست بخشش کرد؛ اما تخلف عمدی از سوی شخص خود را رد کرد. او از سال۱۹۷۷ تا ۱۹۸۲ اسقف اعظم مونیخ بود. او در سال۲۰۰۱، ژان پل دوم را متقاعد کرد تا شورای مذهبی اصول و تعالیم دین را مسوول تمام اتهامات سوء‌استفاده جنسی علیه کشیش‌ها کند. قبلا هر اسقف‌نشینی به تنهایی به این مسائل رسیدگی می‌کرد. راتسینگر استدلال کرد که قانون مرور زمان نباید درباره این اتهامات اجرایی شود و خواهان اخراج سریع مجرمان شد. عزم او برای مقابله با این معضل، بسیاری را در واتیکان خشمگین کرد. بندیکت شانزدهم یک محافظه‌کار مذهبی بود، در نویسندگی و موسیقی دست داشت و از علاقه‌مندان موتزارت بود.