تبصره ۳ ماده ۲۹ برنامه ششم توسعه مربوط به سامانه ثبت حقوق و مزایاست که دستگاه‌های اجرایی موظفند همه پرداخت‌ها به مقام‌ها، روسا و مدیران را در این سامانه ثبت کنند. براساس این بخشنامه که به همه دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده (۲۹) قانون برنامه ششم توسعه و همچنین نیروهای مسلح، وزارت اطلاعات و سازمان انرژی اتمی ایران ابلاغ شده است، برخورداری کارمندان قرارداد کارمعین (مشخص) از مرخصی استحقاقی، استعلاجی، بدون حقوق، اعمال مدرک تحصیلی و سایر مزایای مترتبه براساس مقررات مورد عمل درخصوص کارمندان پیمانی است. همچنین با اجرای این بخشنامه، معادل طبقه و رتبه اعمالی نباید از آخرین معادل طبقه و رتبه اعمال‌شده در قرارداد منعقده کارمندان‌ قرارداد کارمعین (مشخص) کمتر باشد. طبق این بخشنامه، ردیف «سایر» از قرارداد منعقده کارمندان مذکور حذف می‌شود. با اجرای این بخشنامه همه ضوابط و دستورالعمل‌های مغایر درخصوص تعیین و پرداخت حقوق و مزایای کارمندان قرارداد کارمعین (مشخص) معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیس‌جمهور (سابق)، ملغی می‌شود.