در برآورد مرکز پژوهش‌های مجلس از این لایحه آمده است: اگرچه اعمال معافیت دائم برای مواد اولیه دارویی، مواد اولیه شیرخشک اطفال، مواد اولیه و قطعات ساخت و یدکی تجهیزات و ملزومات پزشکی و توانبخشی و تجهیزات پزشکی بادوام دستگاه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ها از پرداخت مالیات ارزش‌افزوده منجر به تزلزل قانون دائمی مالیات ارزش‌افزوده، تشویق واردات در مقابل کالای داخلی، امکان سوءاستفاده در صنایع دیگر به‌خصوص از طریق تجهیزات پزشکی بادوام دستگاه‌ها، افزایش معافیت‌های مالیاتی و کاهش درآمدهای مالیاتی می‌شود؛ اما با توجه به ضرورت ناشی از شوک ارزی و تغییرات اقتصادی در سال‌۱۴۰۱، می‌توان با اصلاحاتی معافیت یا نرخ‌ترجیحی برای این مواد اولیه در دوره موقتی را لحاظ کرد. بنا به پیشنهاد مرکز پژوهش‌ها در این دوره وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی در راستای سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی مبنی‌بر کاهش وابستگی به واردات، باید شرایطی را فراهم کند که وابستگی صنایع دارویی و پزشکی به مواد اولیه وارداتی کاهش یابد.

بنا به اعلام این مرکز مفاد گزارش کمیسیون مغایر با اصل۷۵ قانون‌اساسی و برخی سیاست‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های کلی نظام به‌نظر می‌رسد و در ادامه می‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌نویسد: بر این اساس پیشنهاد می‌شود با رعایت تشریفات مندرج در آیین‌نامه داخلی مجلس به‌جای معافیت دائمی، نرخ ‌ترجیحی برای دوره حداکثر سه‌ساله لحاظ شود و به‌تدریج طی این مدت به نرخ عادی ۹‌درصد بازگردد، تا اثر شوک اقتصادی سال‌جاری خنثی شود. همچنین بر اساس نکات گفته شده پیشنهاد می‌شود متن زیر جایگزین متن ماده‌واحده در گزارش کمیسیون شود. بر اساس ماده‌واحده مالیات و عوارض موضوع قانون مالیات ارزش‌افزوده مواد اولیه دارویی انسانی، مواد اولیه شیرخشک اطفال، مواد اولیه ملزومات و تجهیزات مصرفی پزشکی و توانبخشی که فاقد مشابه تولید داخل باشند، در مبادی گمرک در سال‌های ۱۴۰۱ و ۱۴۰۲ به‌ترتیب با نرخ یک‌درصد و ۴‌درصد و در سال‌های بعد از آن با نرخ مقرر در ماده‌۷ قانون مالیات ارزش‌افزوده مصوب سال‌۱۴۰۰ محاسبه ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌شود.

پیشنهاد مرکز پژوهش‌ها همچنین اعلام می‌کند؛ اگر واردات مواد اولیه مذکور به دلیل کمبود تولید داخل نسبت به نیاز بازار ضرورت داشته باشد، با تایید وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی واردات آنها با رعایت قانون حداکثر استفاده از توان تولیدی و خدماتی کشور و حمایت از کالای ایرانی، در سال۱۴۰۱ مشمول مالیات و عوارض با نرخ ۲‌درصد در مبادی گمرکی خواهد بود. نرخ‌های ‌ترجیحی فوق درخصوص واردات مواد اولیه مذکور در مبادی گمرکی، صرفا با تشخیص وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی و تایید وزارت صنعت، معدن و تجارت و صدور مجوز ‌ترخیص سازمان غذا و دارو قابل‌اعمال خواهد بود.

 در صورت عدم‌استفاده از مواد اولیه وارداتی فوق در صنایع دارویی و تجهیزات پزشکی یا عدم‌ارسال شناسه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌گذاری اقلام محصول نهایی تولید‌شده از ماده‌اولیه در سامانه رهگیری و کنترل اصالت موضوع بند‌پ ماده‌۷ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی مکلف است مراتب را جهت اخذ مالیات و عوارض متعلق با نرخ موضوع ماده‌۷ قانون مالیات ارزش‌افزوده به سازمان امور مالیاتی کشور اعلام کند.  فهرست مواد اولیه مذکور را وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی تعیین می‌کند. آیین‌نامه اجرایی این ماده ‌ظرف دو ماه پس از ابلاغ این قانون توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش‌پزشکی با همکاری وزارت صنعت، معدن و تجارت و وزارت امور اقتصاد و دارایی تهیه و به تصویب هیات‌وزیران می‌رسد.