با وجود آنکه هنوز دلایل حقیقی بازداشت بقایی مشخص نشده است، اما احمدی‌نژاد با انتشار بیانیه‌ای به دفاع تمام قد از معاون سابقش پرداخت و اعلام کرد که به‌طور قاطع از پاکی، پاکدستی و حقانیت جناب آقای بقایی تا آخر دفاع خواهد کرد. این در حالی است که وی پیش از این در واکنش به بازداشت محمدرضا رحیمی از اتهامات وی اعلام برائت کرده و آنها را به دوره قبل از معاون اولی او نسبت داده بود. دفاع احمدی‌نژاد از بقایی نشان داد که خط قرمزهای او هنوز در بیرون از پاستور هم معنای خود را دارند.