برخی انتقادها از مسکن مهر، واکنش وزیر راه و شهرسازی را به دنبال داشت. علی نیکزاد، از عدم مخالفت با انتقال مالکیت زمین‌های 99ساله به مردم خبر داد. یک مقام سابق این وزارتخانه هم گفت که اصولا «یکی از برنامه‌های اصلی دولت از ابتدا این بود که این زمین‌ها به تدریج به افراد واگذار شود.» وزیر راه ‌و شهرسازی در واکنش به برخی اظهارات که مسکن‌مهر را به «آپارتمان‌سازی در بیابان» تشبیه کرده بود، هم از طرح دفاع کرد و گفت: سود مسکن‌ مهر مستقیم به جیب مردم می‌رود.