در مرحله دوم افزایش قیمت یا محدودیتی در خرید نان یا سهمیه‌‌‌بندی وجود نخواهد داشت، در نتیجه در سمت مردم تغییری نخواهیم داشت. در سمت نانوایان دو اتفاق مهم رخ خواهد داد. اول اینکه نانوا برای فروش نان دیگر با محدودیت سهمیه آرد مواجه نیست. محمد جلال افزود: تا پیش از این هر نانوایی سهمیه مشخصی آرد در اختیار داشت. در فاز بعدی محدودیت سهمیه را خواهیم برداشت؛ در نتیجه نانوایی که نانی با کیفیت بالاتر تولید می‌کند و مشتری بیشتری دارد، ساعت کاری بیشتر یا ظرفیت تولید بالاتری دارد؛ به این شرط که تولید نان درستی در کارتخوان ثبت کند، حجم آرد استفاده‌‌‌شده ثبت می‌شود و تا ۱۰‌درصد بیشتر در نوبت تخصیص آرد بعدی به آن افزوده خواهد شد. وی در مورد بازه زمانی که برای تخصیص آرد در نظر گرفته شده است، گفت: میزان عملکرد برحسب بازه زمانی یکماهه در نظر گرفته می‌شود اما در حوزه تخصیص آرد بسته به استان دوره‌‌‌های ۱۰روزه، ۱۵روزه و یک‌ماهه براساس شرایط استان تعیین می‌شود. برای نانوا اتفاق دیگری نیز رخ می‌دهد، بر این اساس کمک‌‌‌هزینه به بیش از دوبرابر افزایش پیدا می‌کند. مشاور وزیر اقتصاد گفت: در مرحله اول تنها مشاهده داده‌‌‌ها در دستور کار بود اما در فاز دوم به این دلیل که عملکرد آنها براساس داده‌‌‌های پیشینی تحلیل می‌شود، دسترسی نانوا به آرد و دریافت کمک‌‌‌هزینه به عملکرد خودش بستگی دارد، در واقع پس از اجرای فاز دوم طرح امکان خرید آرد یارانه‌‌‌ای و کمک‌‌‌هزینه وجود ندارد مگر با عملکرد نانوایی.

جلال در خصوص نانوایی‌‌‌هایی که هنوز کارتخوان هوشمند را دریافت نکرده‌اند، گفت: در این خصوص یا نانوا امکان استفاده از کارتخوان هوشمند را دارد (به‌‌‌دلیل یکپارچه‌شدن تامین آرد باید این کار انجام شود) یا اینکه به‌‌‌دلیل مشکلات حقوقی نظیر انحصار وراثت هنوز امکان نصب کارتخوان هوشمند وجود ندارد که برای این موارد در هر استان بازه زمانی تعیین و آرد براساس سهمیه قبلی دریافت خواهد شد.

جلال در پاسخ به سوالی در مورد زمان اجرای فاز دوم گفت: در صورت فراهم شدن مقدمات این طرح و اعلام آمادگی استان‌‌‌ها به‌‌‌صورت تدریجی و استان به استان اجرای طرح را آغاز خواهیم کرد. سامانه خرید آرد و فروش نان در کشور به‌‌‌صورت یکپارچه در مرحله دوم عمل خواهد کرد. بنا به گزارش‌ها ۹۸‌درصد طرح کامل شده است و ۷۶‌هزار و ۶۳۰نانوایی در کل کشور وجود دارد. مابقی نانوایی‌‌‌هایی که کارتخوان ندارند مواردی هستند که مشکل وراثت دارند یا هنوز نتوانسته‌‌‌اند کد مالیاتی دریافت کنند، حدود ۳‌هزار نانوایی هستند که باقی مانده‌‌‌اند، در حال پیگیری هستیم تا وضعیت این نانوایی‌‌‌ها تعیین‌تکلیف شوند.